一. GFOLD简介
GFOLD是由同济大学生物信息系张勇教授课题组研发的软件。gfold主要用于RNA-seq数据的差异表达基因分析,特别适合于实验没有重复的情况。
二. GFOLD的安装
GFOLD的安装需要安装gsl-1.15
安装gsl-1.15 $ wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-1.15.tar.gz $ tar zxf gsl-1.15.tar.gz $ cd gsl-1.15 $ ./configure $ make -j 8 $ sudo make install 安装gfold $ wget https://bitbucket.org/feeldead/gfold/get/e78560195469.zip $ unzip e78560195469.zip $ cd feeldead-gfold-e78560195469 $ make $ cd ../ ; mv feeldead-gfold-e78560195469 gfold
三. GFOLD的使用
使用gfold,发现结果没有cufflinks得出的结果好。该软件相对简单快速。不推荐使用。