Gblocks 0.91b Results

Processed file: gyrB.fasta.align
Number of sequences: 3
Alignment assumed to be: DNA
New number of positions: 1050 (selected positions are underlined in blue)

                         10        20        30        40        50        60
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ------------------------------------------------------------
LBX21B           cactcaggaacgac-gacacattttgtcccagatcctgagattttcacagaaacaactgt
X60              cactcaggaacgacggacacattttgtcccagatcctgagattttcacagaaacaactgt
                 ############## #############################################


                         70        80        90       100       110       120
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ----------------------------------------------------------gt
LBX21B           gtatgattatgatctgcttgctaaccgtgtgcgcgaattagcctttttgacaaaaggcgt
X60              gtatgattatgatctgcttgctaaccgtgtgcgcgaattagcctttttgacaaaaggcgt
                 ############################################################


                        130       140       150       160       170       180
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            taaca-------------------------------------------------------
LBX21B           aaacatcacgattgaagataaacgtgaaggacaagagcgcaaaaatgagtaccattacga
X60              aaacatcacgattgaagataaacgtgaaggacaagagcgcaaaaatgagtaccattacga
                 ############################################################


                        190       200       210       220       230       240
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ------------------------------------------------------------
LBX21B           aggcggaattaaaagttatgtagagtatttaaaccgttctaaagaagttgtccatgaaga
X60              aggcggaattaaaagttatgtagagtatttaaaccgttctaaagaagttgtccatgaaga
                 ############################################################


                        250       260       270       280       290       300
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ---------------------------------------------------gcagtgttc
LBX21B           gccgatttacattgaaggcgaaaaggacggcattacggttgaagtggctttgcaatataa
X60              gccgatttacattgaaggcgaaaaggacggcattacggttgaagtggctttgcaatataa
                 ############################################################


                        310       320       330       340       350       360
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            tgatgtgcgcgccgtcaacgtcggcatcagtcataatgacaactttatggtaacgggctt
LBX21B           tgacagctacacaagcaacatttactcgtttacaaataacattaacacgtatgaaggcgg
X60              tgacagctacacaagcaacatttactcgtttacaaataacattaacacgtatgaaggcgg
                 ############################################################


                        370       380       390       400       410       420
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            tccccaagttgaaatcttcccctatacctgttccgagtgctgtgatcatagaacgaactt
LBX21B           gacccacgaagcaggcttc----aaaacgggcctgactcgtgtgatcaatg-----atta
X60              gacccacgaagcaggcttc----aaaacgggcctgactcgtgtgatcaatg-----atta
                 ###################    ############################     ####


                        430       440       450       460       470       480
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            cgttgttggaaaggattttgtccaatctcgctttttcaacgtttaagattttacctctaa
LBX21B           cgccagaaaaaaagggctcattaaagaaaatgatccgaac--ttaagcggtgacgacgta
X60              cgccagaaaaaaagggctcattaaagaaaatgatccgaac--ttaagcggtgacgacgta
                 ########################################  ##################


                        490       500       510       520       530       540
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            gcggcaaaatggcttggaaatgtctgtcgcggccttgtttagctg-atcctccggcagag
LBX21B           agagaagggctaaccgcgattatttccatcaaacaccctgatccgcagtttgaaggccaa
X60              agagaagggctaaccgcgattatttccatcaaacaccctgatccgcagtttgaaggccaa
                 ############################################################


                        550       560       570       580       590       600
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            tcaccctctacgatatataactcggaaatgctcggatcttttgatgagcagtccgctagc
LBX21B           acgaaaacaaaactaggcaactcggaagcgcggacgatcaccgatacgttattttctgcg
X60              acgaaaacaaaactaggcaactcggaagcgcggacgatcaccgatacgttattttctgcg
                 ############################################################


                        610       620       630       640       650       660
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ttaccgggaaggttt------gaaatttccaaagcactcttgcggcgtgttaattcacgc
LBX21B           gcattggaaacatttatgctggaaaatccagatgcggccaaaaaaattgtcgacaaaggt
X60              gcattggaaacatttatgctggaaaatccagatgcggccaaaaaaattgtcgacaaaggt
                 ############################################################


                        670       680       690       700       710       720
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            gcttttttcgcagccattcttgctcttgccgccatcaaacctttgtcgacaatttttttg
LBX21B           ttgatggcggcaagagcaagaatggctgcgaaaaaagcgcgtgaattaacacgccgcaag
X60              ttgatggcggcaagagcaagaatggctgcgaaaaaagcgcgtgaattaacacgccgcaag
                 ############################################################


                        730       740       750       760       770       780
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            gccgcatctggattttccagcataaatgtttccaatgccgcagaaaataacgtatcggtg
LBX21B           agtgctttggaaatttc------aaaccttcccggtaagctagcggactgctcatcaaaa
X60              agtgctttggaaatttc------aaaccttcccggtaagctagcggactgctcatcaaaa
                 #################      #####################################


                        790       800       810       820       830       840
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            atcgtccgcgcttccgagttgcctagttttgttttcgtttggccttcaaactgcggatca
LBX21B           gatccgagcatttccgagttatatatcgtagagggtgactctgccggaggat-cagctaa
X60              gatccgagcatttccgagttatatatcgtagagggtgactctgccggaggat-cagctaa
                 #################################################### #######


                        850       860       870       880       890       900
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            gggtgtttgatggaaataatcgcggttagcccttctcttacgtcgtcaccgcttaa--gt
LBX21B           acaaggccgcgacagacatttccaagccattttgccgcttagaggtaaaatcttaaacgt
X60              acaaggccgcgacagacatttccaagccattttgccgcttagaggtaaaatcttaaacgt
                 ############################################################


                        910       920       930       940       950       960
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            tcggatcattttctttaatgagccctttttttctggcgtaa-----tcattgatcacacg
LBX21B           tgaaaaagcgagattggacaaaatcctttccaacaacgaagttcgttctatgatcacagc
X60              tgaaaaagcgagattggacaaaatcctttccaacaacgaagttcgttctatgatcacagc
                 ############################################################


                        970       980       990      1000      1010      1020
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            agtcaggcccgtttt----gaagcctgcttcgtgggtcccgccttcatacgtgttaatgt
LBX21B           actcggaacaggtataggggaagatttcaacttggggaaagcccgttaccataaagttgt
X60              actcggaacaggtataggggaagatttcaacttggggaaagcccgttaccataaagttgt
                 ############################################################


                       1030      1040      1050      1060      1070      1080
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            tatttgtaaacgagtaaatgttgcttgtgtagctgtcattatattgcaaagccacttcaa
LBX21B           cattatgactgatgccgacgttgacggcgcgcacatcagaacactgctg-----------
X60              cattatgactgatgccgacgttgacggcgcgcacatcagaacactgctg-----------
                 #################################################           


                       1090      1100      1110      1120      1130      1140
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            ccgtaatgccgtccttttcgccttcaatgtaaatcggctcttcatggacaacttctttag
LBX21B           ------------------------------------------------------------
X60              ------------------------------------------------------------
                                                                             


                       1150      1160      1170      1180      1190      1200
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            aacggtttaaatactctacataacttttaattccgccttcgtaatggtactcatttttgc
LBX21B           ------------------------------------------------------------
X60              ------------------------------------------------------------
                                                                             


                       1210      1220      1230      1240      1250      1260
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            gctcttgtccttcacgtttatcttcaatcgtgatgtttacgccttttgtcaaaaaggcta
LBX21B           ------------------------------------------------------------
X60              ------------------------------------------------------------
                                                                             


                       1270      1280      1290      1300      1310      1320
                 =========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12            attcgcgcacacggttagcaagcagatcataatcatacacagttgtttctgtgaaaatct
LBX21B           ------------------------------------------------------------
X60              ------------------------------------------------------------
                                                                             


                       1330      1340      1350
                 =========+=========+=========+=======
LBX12            caggatctgggacaaaatgtgtcgtcgttcctgagtg
LBX21B           -------------------------------------
X60              -----------------------------------tt
                                                      






Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 2 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 2 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: With Half
Flank positions of the 7 selected block(s)
Flanks: [1  14]  [16  379]  [384  411]  [417  460]  [463  737]  [744  832]  [834  1069]  

New number of positions in gyrB.fasta.align-gb:  1050  (77% of the original 1357 positions)