Processed file: gyrB.fasta.align
Number of sequences: 3
Alignment assumed to be: DNA
New number of positions: 1050 (selected positions are underlined in blue)
10 20 30 40 50 60
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ------------------------------------------------------------
LBX21B cactcaggaacgac-gacacattttgtcccagatcctgagattttcacagaaacaactgt
X60 cactcaggaacgacggacacattttgtcccagatcctgagattttcacagaaacaactgt
############## #############################################
70 80 90 100 110 120
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ----------------------------------------------------------gt
LBX21B gtatgattatgatctgcttgctaaccgtgtgcgcgaattagcctttttgacaaaaggcgt
X60 gtatgattatgatctgcttgctaaccgtgtgcgcgaattagcctttttgacaaaaggcgt
############################################################
130 140 150 160 170 180
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 taaca-------------------------------------------------------
LBX21B aaacatcacgattgaagataaacgtgaaggacaagagcgcaaaaatgagtaccattacga
X60 aaacatcacgattgaagataaacgtgaaggacaagagcgcaaaaatgagtaccattacga
############################################################
190 200 210 220 230 240
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ------------------------------------------------------------
LBX21B aggcggaattaaaagttatgtagagtatttaaaccgttctaaagaagttgtccatgaaga
X60 aggcggaattaaaagttatgtagagtatttaaaccgttctaaagaagttgtccatgaaga
############################################################
250 260 270 280 290 300
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ---------------------------------------------------gcagtgttc
LBX21B gccgatttacattgaaggcgaaaaggacggcattacggttgaagtggctttgcaatataa
X60 gccgatttacattgaaggcgaaaaggacggcattacggttgaagtggctttgcaatataa
############################################################
310 320 330 340 350 360
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 tgatgtgcgcgccgtcaacgtcggcatcagtcataatgacaactttatggtaacgggctt
LBX21B tgacagctacacaagcaacatttactcgtttacaaataacattaacacgtatgaaggcgg
X60 tgacagctacacaagcaacatttactcgtttacaaataacattaacacgtatgaaggcgg
############################################################
370 380 390 400 410 420
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 tccccaagttgaaatcttcccctatacctgttccgagtgctgtgatcatagaacgaactt
LBX21B gacccacgaagcaggcttc----aaaacgggcctgactcgtgtgatcaatg-----atta
X60 gacccacgaagcaggcttc----aaaacgggcctgactcgtgtgatcaatg-----atta
################### ############################ ####
430 440 450 460 470 480
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 cgttgttggaaaggattttgtccaatctcgctttttcaacgtttaagattttacctctaa
LBX21B cgccagaaaaaaagggctcattaaagaaaatgatccgaac--ttaagcggtgacgacgta
X60 cgccagaaaaaaagggctcattaaagaaaatgatccgaac--ttaagcggtgacgacgta
######################################## ##################
490 500 510 520 530 540
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 gcggcaaaatggcttggaaatgtctgtcgcggccttgtttagctg-atcctccggcagag
LBX21B agagaagggctaaccgcgattatttccatcaaacaccctgatccgcagtttgaaggccaa
X60 agagaagggctaaccgcgattatttccatcaaacaccctgatccgcagtttgaaggccaa
############################################################
550 560 570 580 590 600
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 tcaccctctacgatatataactcggaaatgctcggatcttttgatgagcagtccgctagc
LBX21B acgaaaacaaaactaggcaactcggaagcgcggacgatcaccgatacgttattttctgcg
X60 acgaaaacaaaactaggcaactcggaagcgcggacgatcaccgatacgttattttctgcg
############################################################
610 620 630 640 650 660
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ttaccgggaaggttt------gaaatttccaaagcactcttgcggcgtgttaattcacgc
LBX21B gcattggaaacatttatgctggaaaatccagatgcggccaaaaaaattgtcgacaaaggt
X60 gcattggaaacatttatgctggaaaatccagatgcggccaaaaaaattgtcgacaaaggt
############################################################
670 680 690 700 710 720
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 gcttttttcgcagccattcttgctcttgccgccatcaaacctttgtcgacaatttttttg
LBX21B ttgatggcggcaagagcaagaatggctgcgaaaaaagcgcgtgaattaacacgccgcaag
X60 ttgatggcggcaagagcaagaatggctgcgaaaaaagcgcgtgaattaacacgccgcaag
############################################################
730 740 750 760 770 780
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 gccgcatctggattttccagcataaatgtttccaatgccgcagaaaataacgtatcggtg
LBX21B agtgctttggaaatttc------aaaccttcccggtaagctagcggactgctcatcaaaa
X60 agtgctttggaaatttc------aaaccttcccggtaagctagcggactgctcatcaaaa
################# #####################################
790 800 810 820 830 840
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 atcgtccgcgcttccgagttgcctagttttgttttcgtttggccttcaaactgcggatca
LBX21B gatccgagcatttccgagttatatatcgtagagggtgactctgccggaggat-cagctaa
X60 gatccgagcatttccgagttatatatcgtagagggtgactctgccggaggat-cagctaa
#################################################### #######
850 860 870 880 890 900
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 gggtgtttgatggaaataatcgcggttagcccttctcttacgtcgtcaccgcttaa--gt
LBX21B acaaggccgcgacagacatttccaagccattttgccgcttagaggtaaaatcttaaacgt
X60 acaaggccgcgacagacatttccaagccattttgccgcttagaggtaaaatcttaaacgt
############################################################
910 920 930 940 950 960
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 tcggatcattttctttaatgagccctttttttctggcgtaa-----tcattgatcacacg
LBX21B tgaaaaagcgagattggacaaaatcctttccaacaacgaagttcgttctatgatcacagc
X60 tgaaaaagcgagattggacaaaatcctttccaacaacgaagttcgttctatgatcacagc
############################################################
970 980 990 1000 1010 1020
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 agtcaggcccgtttt----gaagcctgcttcgtgggtcccgccttcatacgtgttaatgt
LBX21B actcggaacaggtataggggaagatttcaacttggggaaagcccgttaccataaagttgt
X60 actcggaacaggtataggggaagatttcaacttggggaaagcccgttaccataaagttgt
############################################################
1030 1040 1050 1060 1070 1080
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 tatttgtaaacgagtaaatgttgcttgtgtagctgtcattatattgcaaagccacttcaa
LBX21B cattatgactgatgccgacgttgacggcgcgcacatcagaacactgctg-----------
X60 cattatgactgatgccgacgttgacggcgcgcacatcagaacactgctg-----------
#################################################
1090 1100 1110 1120 1130 1140
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 ccgtaatgccgtccttttcgccttcaatgtaaatcggctcttcatggacaacttctttag
LBX21B ------------------------------------------------------------
X60 ------------------------------------------------------------
1150 1160 1170 1180 1190 1200
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 aacggtttaaatactctacataacttttaattccgccttcgtaatggtactcatttttgc
LBX21B ------------------------------------------------------------
X60 ------------------------------------------------------------
1210 1220 1230 1240 1250 1260
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 gctcttgtccttcacgtttatcttcaatcgtgatgtttacgccttttgtcaaaaaggcta
LBX21B ------------------------------------------------------------
X60 ------------------------------------------------------------
1270 1280 1290 1300 1310 1320
=========+=========+=========+=========+=========+=========+
LBX12 attcgcgcacacggttagcaagcagatcataatcatacacagttgtttctgtgaaaatct
LBX21B ------------------------------------------------------------
X60 ------------------------------------------------------------
1330 1340 1350
=========+=========+=========+=======
LBX12 caggatctgggacaaaatgtgtcgtcgttcctgagtg
LBX21B -------------------------------------
X60 -----------------------------------tt
Parameters used Minimum Number Of Sequences For A Conserved Position: 2 Minimum Number Of Sequences For A Flanking Position: 2 Maximum Number Of Contiguous Nonconserved Positions: 8 Minimum Length Of A Block: 10 Allowed Gap Positions: With Half
Flank positions of the 7 selected block(s) Flanks: [1 14] [16 379] [384 411] [417 460] [463 737] [744 832] [834 1069] New number of positions in gyrB.fasta.align-gb: 1050 (77% of the original 1357 positions)