1. SNP和INDEL caller

1.1 GATK

1.2 SAMtools

1.3 DISCOVAR

DISCOVAR的官方博客：http://www.broadinstitute.org/software/discovar/blog/。该软件和ALLPATHS-LG是同一个组织开发的，是在ALLPATHS-LG的基础上开发的，用于基因组的组装和Variants的发掘。2013.3 公布出了该软件。

1.4 PyroHMMvar

PyroHMMvar: a sensitive and accurate method to call short INDELs and SNPs for Ion Torrent and 454 data. 2013.8.28发表在bioinformatics上。