1. RNAmmer简介

RNAmmer是用来预测rRNA的软件。其官网页工具：RNAmmer 1.2 Server

参考文献：Lagesen K, Hallin P, Rødland E A, et al. RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes[J]. Nucleic acids research, 2007, 35(9): 3100-3108.

RNAmmer的正常运行需要：1. perl的Getopt::Long和XML::Simple模块； 2. hmmsearch,需要安装hmmer-2.2g版本，使用最新版本会出错。

2. RNAmmer的安装和运行

下载并安装hmmer-2.2g
$ wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer/2.2g/hmmer-2.2g.tar.gz
$ tar zxf hmmer-2.2g.tar.gz
$ cd hmmer-2.2g
$ ./configure --prefix=/opt/biosoft/hmmer-2.2g
$ mkdir -p /opt/biosoft/hmmer-2.2g/man/man1/ /opt/biosoft/hmmer-2.2g/bin
$ make; make install

安装RNAmmer，该软件需要使用edu邮箱去申请。
$ mkdir -p /opt/biosoft/rnammer-1.2
$ tar zxf rnammer-1.2.src.tar.Z -C /opt/biosoft/rnammer-1.2
$ perl -p -i -e 's/(my \$INSTALL_PATH).*/$1 = \"\/opt\/biosoft\/rnammer-1.2\";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer
$ perl -p -i -e 's/^(\s+\$HMMSEARCH_BINARY).*/$1 = \"\/opt\/biosoft\/hmmer-2.2g\/bin\/hmmsearch\";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer

检测是否正常运行
$ /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer -S bac -multi -f rRNA.fasta\
 -h rRNA.hmmreport -xml rRNA.xml -gff rRNA.gff2\
 /opt/biosoft/rnammer-1.2/example/ecoli.fsa

3. RNAmmer的运行与参数

运行/opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer命令，参考manual文件/opt/biosoft/rnammer-1.2/man/rnammer.1, 该程序的运行参数如下：

USAGE:
$ rnammer [options] sequence.fasta

-S  指定输入序列的物种所属的界： arc bac 或 euk

-gff  生成的gff文件结果

-m  所需要预测的moleculers： 'tsu' for 5/8s rRNA, 'ssu' for 16/18s rRNA, 'lsu' for 23/28s rRNA。如果全部进行预测，则该参数后为 'tsu,ssu,lsu'。

-multi  并行运算，预测正反两条链上所有的moleculers。最多并行运行6个计算。使用该参数，则不需要上一个参数。

-f  生成的rRNA的fasta结果文件

-h  生成的hmm报告结果

-gff  生成的rRNA的gff2文件

-x  生成的xml结果文件

对真核生物基因组进行rRNA预测的一个示例命令:

$ /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer -S euk -multi -f rRNA.fasta\
 -h rRNA.hmmreport -xml rRNA.xml -gff rRNA.gff2 genome.fasta

4. RNAmmer的结果

rRNA.fasta，rRNA.gff2，rRNA.hmmreport，rRNA.xml。