GO slim

1. GO slim简介

GO slims are cut-down versions of the GO ontologies containing a subset of the terms in the whole GO. They give a broad overview of the ontology content without the detail of the specific fine grained terms.
简单地讲,GO slim 能简化 GO 的注释结果,将所有的 GO 注释归类到指定的数个 GO 功能分类上。
点击进入:GO Database Guide
点击进入:Ontology Downloads

2. 安装go-perl

方法1:

# perl -MCPAN -e shell
cpan[1]> install GO::Parser

方法2:

$ wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CM/CMUNGALL/go-perl-0.15.tar.gz
$ tar zxf go-perl-0.15.tar.gz
$ cd go-perl-0.15
$ perl Makefile.PL
$ make 
$ sudo make install

查看go-perl的说明文档

$ perldoc go-perl.pod

3. map2slim的使用

用法:

$ map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo \
gene-associations/gene_association.fb

gene_ontology.obo和goslim_generic.obo文件在Ontology Downloads中下载。
操作的对象为GAF格式文件。当然此文件可以用blast2go的专业版生成。

使用map2slim的优点是可以自己构建属于自己物种的obo文件,然后运行该程序查看所感兴趣的功能基因的数目。

4. 使用blast2go做goslim

blast2go做goslim就很简单了,但是只能使用官网所公认的几个obo文件做goslim。

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