评价了 8 个基因组组装软件: ABySS CABOG MIRA MaSuRCA SGA SOAPdenovo SPAdes Velvet。
若这 8 个软件组装效果全部一致,则值全部为 1 。
对 7 个物种的组装结果, 根据 N50, contig 的组装性能:
ABySS 0.79
CABOG 0.55
MIRA 0.85
MaSuRCA 2.08
SGA 0.24
SOAPdenovo 1.10
SPAdes 1.91
Velvet 0.48
对 5 个物种的组装结果, 根据 N50, scaffold 的组装性能:
ABySS 0.76
CABOG 0.81
MIRA 0.85
MaSuRCA 1.53
SGA 0.31
SOAPdenovo 0.81
SPAdes 1.20
Velvet 0.72
可以看出,从基因组的连续性考虑,最佳的细菌基因组组装软件是:
MaSuRCA > SPAdes 。仅有这两个软件能高于平均水平, 特别是 MaSuRCA 显著比其它软件要好。
文中没有进行组装结果的准确性分析。但是提到 SOAPdenvo 可以产生最大的 scaffolds,但是比其它软件的结果有根多的 local errors。
由于数据问题,没有对 ALLPATHS-LG 进行分析。