GAGE-B 进行微生物基因组组装软件的评估

参考文献:Magoc T, Pabinger S, Canzar S, et al. GAGE-B: an evaluation of genome assemblers for bacterial organisms[J]. Bioinformatics, 2013, 29(14): 1718-1725.

评价了 8 个基因组组装软件: ABySS CABOG MIRA MaSuRCA SGA SOAPdenovo SPAdes Velvet。
若这 8 个软件组装效果全部一致,则值全部为 1 。

对 7 个物种的组装结果, 根据 N50, contig 的组装性能:
ABySS 0.79
CABOG 0.55
MIRA 0.85
MaSuRCA 2.08
SGA 0.24
SOAPdenovo 1.10
SPAdes 1.91
Velvet 0.48

对 5 个物种的组装结果, 根据 N50, scaffold 的组装性能:
ABySS 0.76
CABOG 0.81
MIRA 0.85
MaSuRCA 1.53
SGA 0.31
SOAPdenovo 0.81
SPAdes 1.20
Velvet 0.72

可以看出,从基因组的连续性考虑,最佳的细菌基因组组装软件是:
MaSuRCA > SPAdes 。仅有这两个软件能高于平均水平, 特别是 MaSuRCA 显著比其它软件要好。

文中没有进行组装结果的准确性分析。但是提到 SOAPdenvo 可以产生最大的 scaffolds,但是比其它软件的结果有根多的 local errors。

由于数据问题,没有对 ALLPATHS-LG 进行分析。

发表评论

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注

此站点使用Akismet来减少垃圾评论。了解我们如何处理您的评论数据