进行多个 genome Assemblies 整合的软件有很多：GAA, GAM, GAM-NGS, GARM, CISA, minimus2, Reconciliator, MAIA 等。

我对其中的一些进行了尝试，结果下：

1. GAA：软件很快就给出了结果，但是结果明显是错的。我不知道是不是用错了，但是软件运行过程中没有报错。

2. GAM-NGS： 软件安装可能会出现一些问题。有时候能出结果， 将 master 和 slave 反过来运行却会有报错。同时使用 bowtie2 的结果作为输入会报错。该程序安装和运行太过容易出错。 没有使用 MUMer ，虽然说是能节约时间，其实生成 sorted 的 bam 文件也极为耗时的。 最后，对于我的数据，该软件的整合效果太差。

3. GARM：软件的 pipeline 明显没写好，直接报错，连使用其 example data 都狂报错。 一看下载的程序是数年前的，估计作者也没修改其程序了。

4. Reconciliator： 从其发表文章所述的链接，完全下载不到该软件。

5. MAIA： 貌似需要使用 matlab，没装 matlab 切需要用钱购买的软件，这个就麻烦了。

6. minimus2： 使用貌似需要一些其他格式的文件，貌似比较麻烦，同时基因组整合的效果听说比较差。我个人就不去费精力验证了。

7. GAM: 貌似 GAM-NGS 是在该软件基础上做的，那么这个估计也好不到哪儿去。

8. CISA： 该软件结果还不错，使用起来也非常简单。唯一的缺点是运算极度耗时，特别是运行第2步的时候，对于较大的基因组，使用此软件几乎是不可能的事情。推荐使用此软件。