1. RAxML 简介

RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。
网页版工具：http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene
参考文献：RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies

2. RAxML 下载与安装

$ wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/v8.2.12.tar.gz -O ~/software/RAxML-v8.2.12.tar.gz
$ tar zxf ~/software/RAxML-v8.2.12.tar.gz -C /opt/biosoft/
$ mv /opt/biosoft/standard-RAxML-8.2.12/ /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/
$ cd /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/
$ make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc -j 4
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc -j 4
$ rm *.o
$ source ~/.bashrc.mpich
$ make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc -j 4
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc -j 4
$ rm *.o
$ chmod 755 /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/usefulScripts/*
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.2.12/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc

2. RAxML 的使用

RaxML 软件包中带有一个 PDF 格式的 Manual 文档，介绍得非常详细。

2.1 RaxML 版本的选择

Sequential 版本适合于中小型的数据； PThreads 版本适合于长序列或多条序列；MPI 版本适合于较大(100~1000) bootstraps 的运行。

2.2 常用例子与参数

常用例子：

简单快速方式
$ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 20

并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：
$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 8

RAxML 的参数非常多，设置非常复杂，上述常用例子的参数为：

-f a
此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。
-x 12345
指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。
-p 12345
指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。
-# 100
指定 bootstrap 的次数。
-m PROTGAMMALGX
指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表示氨基酸替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。
-s ex.phy
指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。
-n ex
输出文件的后缀为 .ex 。
-T 20
指定多线程运行的 CPUs 。

2.3 结果文件

RAxML_bootstrap.ex           bootstrapped trees
RAxML_bestTree.ex            最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex        有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

你好，请问RaxML可以定义HKY+G等模型吗？

回复 ↓

source ~/.bashrc.mpich、
您好，我按照你的教程，安装跟你一样的版本RAxML,但是这一行命令我实现不了，我就用source ~/.bashrc,最后安装结束，发现RAxML-8.2.12这个文件夹里没有raxmlHPC，只有这个对应的四个版本，就是我使用命令我只能用raxmlHPC四个版本全名来运行命令，请问这样有问题吗？

回复 ↓

chenlianfu在2020 年 2 月 23 日上午 11:02说道：

是这样的，没有问题。

回复 ↓

陈老师，得到结果文件好几个树，请问应该用哪一个树哇？还是说要根据后续分析而定？后面可以有哪些分析，分别用什么树呢？谢谢

回复 ↓

chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:01说道：

软件的结果只有一棵树的。虽然生成文件有多个，都是需要的结果的结果文件，而常常需要的是其中一个文件而已。

回复 ↓

老师您好，请问RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 可以用什么软件识别？

回复 ↓

chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:07说道：

用任何文本阅读器都可以读取。它是一个纯文本文件，内容就是一些人类可以阅读的字符。

回复 ↓

老师你好，请问要设定什么参数才能得到这几个
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。
树文件？

回复 ↓

chenlianfu在2020 年 5 月 16 日下午 5:35说道：

程序运行完毕就可以得到者几个文件。第二个文件输入给figtree即可

回复 ↓

老师你好，请问要设置什么参数才能得到这几个树文件？
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

回复 ↓

老师，您好！我想问一下用RAxML建树的时候我有两个外群应该怎么分出来，每次跑程序的时候都提醒我“outgroups are not monophyletic, using first outgroup”，只识别第一个

回复 ↓

老师，你好，这个方法是在那个系统上使用。

回复 ↓

陈老师您好，
我用orthofinder找直系同源基因，然后用单拷贝基因画树，做树的时候参数选择 -T raxml，pbs提交集群了，walltime设置的240：00：00，两天了看还在Inferring remaining multiple sequence alignments and gene trees步骤，额，查了下raxml画树需要很长时间，我设置的这个10天是不是不够啊…..

回复 ↓

老师你好，-m模型是如何算出设定的，raxml的最佳模型一般用什么得到？
谢谢

回复 ↓

发表评论取消回复

Lucia在2017 年 2 月 9 日下午 3:47说道：

你好，请问RaxML可以定义HKY+G等模型吗？

回复 ↓
bioboy在2020 年 1 月 6 日下午 9:23说道：

source ~/.bashrc.mpich、
您好，我按照你的教程，安装跟你一样的版本RAxML,但是这一行命令我实现不了，我就用source ~/.bashrc,最后安装结束，发现RAxML-8.2.12这个文件夹里没有raxmlHPC，只有这个对应的四个版本，就是我使用命令我只能用raxmlHPC四个版本全名来运行命令，请问这样有问题吗？

回复 ↓
- chenlianfu在2020 年 2 月 23 日上午 11:02说道：
  
  是这样的，没有问题。
  
  回复 ↓
刘洁在2020 年 2 月 27 日下午 1:10说道：

陈老师，得到结果文件好几个树，请问应该用哪一个树哇？还是说要根据后续分析而定？后面可以有哪些分析，分别用什么树呢？谢谢

回复 ↓
- chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:01说道：
  
  软件的结果只有一棵树的。虽然生成文件有多个，都是需要的结果的结果文件，而常常需要的是其中一个文件而已。
  
  回复 ↓
LUCY在2020 年 3 月 20 日上午 11:39说道：

老师您好，请问RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 可以用什么软件识别？

回复 ↓
- chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:07说道：
  
  用任何文本阅读器都可以读取。它是一个纯文本文件，内容就是一些人类可以阅读的字符。
  
  回复 ↓
胡在2020 年 5 月 9 日下午 2:45说道：

老师你好，请问要设定什么参数才能得到这几个
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。
树文件？

回复 ↓
- chenlianfu在2020 年 5 月 16 日下午 5:35说道：
  
  程序运行完毕就可以得到者几个文件。第二个文件输入给figtree即可
  
  回复 ↓
胡在2020 年 5 月 9 日下午 2:59说道：

老师你好，请问要设置什么参数才能得到这几个树文件？
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

回复 ↓
刘丰竭在2020 年 5 月 19 日上午 7:29说道：

老师，您好！我想问一下用RAxML建树的时候我有两个外群应该怎么分出来，每次跑程序的时候都提醒我“outgroups are not monophyletic, using first outgroup”，只识别第一个

回复 ↓
CJ在2020 年 6 月 28 日下午 5:51说道：

老师，你好，这个方法是在那个系统上使用。

回复 ↓
shawn在2020 年 7 月 5 日下午 4:12说道：

陈老师您好，
我用orthofinder找直系同源基因，然后用单拷贝基因画树，做树的时候参数选择 -T raxml，pbs提交集群了，walltime设置的240：00：00，两天了看还在Inferring remaining multiple sequence alignments and gene trees步骤，额，查了下raxml画树需要很长时间，我设置的这个10天是不是不够啊…..

回复 ↓
木子在2020 年 7 月 22 日下午 3:14说道：

老师你好，-m模型是如何算出设定的，raxml的最佳模型一般用什么得到？
谢谢

回复 ↓

此站点使用Akismet来减少垃圾评论。了解我们如何处理您的评论数据。

陈连福的生信博客

第16期培训班将于2021.01.23-2021.02.01期间在武汉市举办，提前报名有有优惠！

使用 RAxML 构建进化树

1. RAxML 简介

2. RAxML 下载与安装

2. RAxML 的使用

2.1 RaxML 版本的选择

2.2 常用例子与参数

2.3 结果文件

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

发表评论取消回复

1. RAxML 简介

2. RAxML 下载与安装

2. RAxML 的使用

2.1 RaxML 版本的选择

2.2 常用例子与参数

2.3 结果文件

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

发表评论 取消回复

发表评论取消回复