1. RAxML 简介

RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。
网页版工具：http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene
参考文献：RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies

2. RAxML 下载与安装

$ wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/v8.2.12.tar.gz -O ~/software/RAxML-v8.2.12.tar.gz
$ tar zxf ~/software/RAxML-v8.2.12.tar.gz -C /opt/biosoft/
$ mv /opt/biosoft/standard-RAxML-8.2.12/ /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/
$ cd /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/
$ make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc -j 4
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc -j 4
$ rm *.o
$ source ~/.bashrc.mpich
$ make -f Makefile.SSE3.HYBRID.gcc -j 4
$ rm *.o
$ make -f Makefile.AVX.HYBRID.gcc -j 4
$ rm *.o
$ chmod 755 /opt/biosoft/RAxML-8.2.12/usefulScripts/*
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.2.12/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc

2. RAxML 的使用

RaxML 软件包中带有一个 PDF 格式的 Manual 文档，介绍得非常详细。

2.1 RaxML 版本的选择

Sequential 版本适合于中小型的数据； PThreads 版本适合于长序列或多条序列；MPI 版本适合于较大(100~1000) bootstraps 的运行。

2.2 常用例子与参数

常用例子：

简单快速方式
$ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 20

并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：
$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 8

RAxML 的参数非常多，设置非常复杂，上述常用例子的参数为：

-f a
此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。
-x 12345
指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。
-p 12345
指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。
-# 100
指定 bootstrap 的次数。
-m PROTGAMMALGX
指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表示氨基酸替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。
-s ex.phy
指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。
-n ex
输出文件的后缀为 .ex 。
-T 20
指定多线程运行的 CPUs 。

2.3 结果文件

RAxML_bootstrap.ex           bootstrapped trees
RAxML_bestTree.ex            最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex        有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

你好，请问RaxML可以定义HKY+G等模型吗？

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source ~/.bashrc.mpich、
您好，我按照你的教程，安装跟你一样的版本RAxML,但是这一行命令我实现不了，我就用source ~/.bashrc,最后安装结束，发现RAxML-8.2.12这个文件夹里没有raxmlHPC，只有这个对应的四个版本，就是我使用命令我只能用raxmlHPC四个版本全名来运行命令，请问这样有问题吗？

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chenlianfu在2020 年 2 月 23 日上午 11:02说道：

是这样的，没有问题。

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陈老师，得到结果文件好几个树，请问应该用哪一个树哇？还是说要根据后续分析而定？后面可以有哪些分析，分别用什么树呢？谢谢

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chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:01说道：

软件的结果只有一棵树的。虽然生成文件有多个，都是需要的结果的结果文件，而常常需要的是其中一个文件而已。

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老师您好，请问RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 可以用什么软件识别？

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chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:07说道：

用任何文本阅读器都可以读取。它是一个纯文本文件，内容就是一些人类可以阅读的字符。

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老师你好，请问要设定什么参数才能得到这几个
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。
树文件？

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chenlianfu在2020 年 5 月 16 日下午 5:35说道：

程序运行完毕就可以得到者几个文件。第二个文件输入给figtree即可

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老师你好，请问要设置什么参数才能得到这几个树文件？
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

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老师，您好！我想问一下用RAxML建树的时候我有两个外群应该怎么分出来，每次跑程序的时候都提醒我“outgroups are not monophyletic, using first outgroup”，只识别第一个

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老师，你好，这个方法是在那个系统上使用。

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陈老师您好，
我用orthofinder找直系同源基因，然后用单拷贝基因画树，做树的时候参数选择 -T raxml，pbs提交集群了，walltime设置的240：00：00，两天了看还在Inferring remaining multiple sequence alignments and gene trees步骤，额，查了下raxml画树需要很长时间，我设置的这个10天是不是不够啊…..

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老师你好，-m模型是如何算出设定的，raxml的最佳模型一般用什么得到？
谢谢

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Lucia在2017 年 2 月 9 日下午 3:47说道：

你好，请问RaxML可以定义HKY+G等模型吗？

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bioboy在2020 年 1 月 6 日下午 9:23说道：

source ~/.bashrc.mpich、
您好，我按照你的教程，安装跟你一样的版本RAxML,但是这一行命令我实现不了，我就用source ~/.bashrc,最后安装结束，发现RAxML-8.2.12这个文件夹里没有raxmlHPC，只有这个对应的四个版本，就是我使用命令我只能用raxmlHPC四个版本全名来运行命令，请问这样有问题吗？

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- chenlianfu在2020 年 2 月 23 日上午 11:02说道：
  
  是这样的，没有问题。
  
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刘洁在2020 年 2 月 27 日下午 1:10说道：

陈老师，得到结果文件好几个树，请问应该用哪一个树哇？还是说要根据后续分析而定？后面可以有哪些分析，分别用什么树呢？谢谢

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- chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:01说道：
  
  软件的结果只有一棵树的。虽然生成文件有多个，都是需要的结果的结果文件，而常常需要的是其中一个文件而已。
  
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LUCY在2020 年 3 月 20 日上午 11:39说道：

老师您好，请问RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 可以用什么软件识别？

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- chenlianfu在2020 年 4 月 26 日下午 7:07说道：
  
  用任何文本阅读器都可以读取。它是一个纯文本文件，内容就是一些人类可以阅读的字符。
  
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胡在2020 年 5 月 9 日下午 2:45说道：

老师你好，请问要设定什么参数才能得到这几个
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。
树文件？

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- chenlianfu在2020 年 5 月 16 日下午 5:35说道：
  
  程序运行完毕就可以得到者几个文件。第二个文件输入给figtree即可
  
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胡在2020 年 5 月 9 日下午 2:59说道：

老师你好，请问要设置什么参数才能得到这几个树文件？
RAxML_bestTree.ex 最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

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刘丰竭在2020 年 5 月 19 日上午 7:29说道：

老师，您好！我想问一下用RAxML建树的时候我有两个外群应该怎么分出来，每次跑程序的时候都提醒我“outgroups are not monophyletic, using first outgroup”，只识别第一个

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CJ在2020 年 6 月 28 日下午 5:51说道：

老师，你好，这个方法是在那个系统上使用。

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shawn在2020 年 7 月 5 日下午 4:12说道：

陈老师您好，
我用orthofinder找直系同源基因，然后用单拷贝基因画树，做树的时候参数选择 -T raxml，pbs提交集群了，walltime设置的240：00：00，两天了看还在Inferring remaining multiple sequence alignments and gene trees步骤，额，查了下raxml画树需要很长时间，我设置的这个10天是不是不够啊…..

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木子在2020 年 7 月 22 日下午 3:14说道：

老师你好，-m模型是如何算出设定的，raxml的最佳模型一般用什么得到？
谢谢

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使用 RAxML 构建进化树

1. RAxML 简介

2. RAxML 下载与安装

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2.1 RaxML 版本的选择

2.2 常用例子与参数

2.3 结果文件

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

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2. RAxML 下载与安装

2. RAxML 的使用

2.1 RaxML 版本的选择

2.2 常用例子与参数

2.3 结果文件

《使用 RAxML 构建进化树》上有14个想法

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