1. ABACAS简介

ABACAS 用于在有参考序列的情况下，对contigs序列进行连接。软件官网：http://abacas.sourceforge.net/

2. ABACAS 下载和安装

ABACAS是一支perl程序，其运行需要安装有MUMmer。

$ wget http://sourceforge.net/projects/abacas/files/abacas.1.3.1.pl
$ chmod 755 abacas.1.3.1.pl
$ mv abacas.1.3.1.pl ~/bin/
$ ln -s ~/bin/abacas.1.3.1.pl ~/bin/abacas.pl
$ perl -p -i -e 's#/usr/local/bin/perl#/usr/bin/perl#' ~/bin/abacas.1.3.1.pl

3. ABACAS 的使用

ABACAS 的简单例子：

$ abacas.pl -r ref.fasta -q query.fasta -p nucmer -o out_prefix

ABACAS 的使用参数：

-r string
    输入参考序列。参考序列为fasta格式并仅有1条序列。
-q string
    输入query序列。query序列为fasta格式。
-p nucmer|promer
    该参数可以设为nucmer或promer，表示使用相应的程序进行contig ordering。
-o string
    设定输出文件的前缀。默认为query.fasta_ref.fastq。
-c
    参考序列是一个环。
-m
    使用该参数后，则将定位并定向的query序列按顺序打印到文件 out_prefix.MULTIFASTA.fa 中。
-b
    使用该参数后，则将未能定位的 congtig 序列内容打印到文件 ou_prefix.contigsInbin.fas 中。
-N
    使用该参数后，则将由定位定向的conitg序列连接而成的pseudomolecule的序列打印到文件 out_prefix.NoNs.fasta 中。默认下，输出文件 out_prefix.fasta 中的 pseudomolecule 序列中 congtig 之间的 gap 使用 N 表示，有重叠则加 100个N；该参数则是生成额外的fasta文件，其中contig之间序列无N。
-t
    使用该参数后，则对 ou_prefix.contigsInbin.fas 中的序列运行 blastall，额外生成 blast.out 文件。使用该参数则必须有 -b 参数。
-g out_prefix
    使用该参数后，则将 pseudomolecule 的gap部分在ref上的序列答应到文件 out_prefix.Gaps_onRef 中。
-P
    使用该参数后，则设计用于 close gaps 的引物。需要安装 prime3_core，但我个人加该参数运行失败。
-R
    使用该参数，则不需要运行 mumer，适合于多次运行程序，节约时间。但我个人加该参数运行失败。
-e
    不进行 contig ordering，有利于直接进行引物设计。
-i int
    允许的最小的identity的百分比。默认为 40。
-v int
    允许的最小的 contig 覆盖率。默认为 40。
-V 0|1
    contig比对到ref序列上的位置的数目。默认为1。使用 -V 0 表示将contig序列随机放到1个比对上的位点。
-l int
    不使用低于此长度的contig序列。默认为 100。 
-d
    ABACAS在调用MUmer的时候，默认下使用了--maxmatch参数来增加匹配，使用 -d 参数则会使用MUmer的默认参数，即不会使用--maxmatch参数。