1. ABySS 进行 scaffolding 的目的与优点

目的： 对其它基因组 denovo 的 assembly 结果，使用 abyss 再进行一次 scaffolding。
优点： 可以使用 RNA-seq 的转录子数据进行基因组的辅助组装。

2. ABySS 进行 scaffolding 的命令行

输入文件： assembly.fasta, 2000.1.fastq, 2000.2.fastq, 5000.1.fastq, 5000.2.fastq。
输入文件是基因组的组装结果，和 3 对 mate-paired Illumina 数据。

2.1 对 assembly.fasta 进行序列改名

去除序列之间的换行
fasta_no_blank.pl assembly.fasta > 11; mv 11 assembly.fasta
给序列按顺序重命名
perl -e '$num = 0; while (<>) {if (/^>/) { s/>(.*)/>$num/; print; $num ++; } else { print } }' assembly.fasta > ledodes-6.fa

2.2 将 mate-paired 数据比对到基因组序列上

根据比对结果，得到 mate-paired library 的 insertSize 信息（以 .hist 为后缀的文件）和 序列之间的连接、距离与顺序信息 (以 .dist.dot 为后缀的 graph 文件）。

abyss-map -j24 -l87 3000.1.fastq 3000.2.fastq ledodes-6.fa \
  |abyss-fixmate -l87 -h mp1-6.hist \
  |sort -snk3 -k4 \
  |DistanceEst --dot -j24 -k87 -l87 -s200 -n10 -o mp1-6.dist.dot mp1-6.hist
abyss-map -j24 -l87 8000.1.fastq 8000.2.fastq ledodes-6.fa \
  |abyss-fixmate -l87 -h mp2-6.hist \
  |sort -snk3 -k4 \
  |DistanceEst --dot -j24 -k87 -l87 -s200 -n10 -o mp2-6.dist.dot mp2-6.hist

以上命令行中参数：

-j24
    使用 24 个线程运行
-l87
    使用的 kmer值 为 87
-s200
    sedd contigs的最小长度为 200bp
-n10
    所允许连接两条序列的最小的pairs的数目

2.3 进行 scaffolding

abyss-scaffold -k87 -s200 -n5 -g ledodes-6.path.dot ledodes-6.fa mp1-6.dist.dot mp2-6.dist.dot > ledodes-6.path
PathConsensus -k87 -p0.9 -s ledodes-7.fa -g ledodes-7.adj -o ledodes-7.path ledodes-6.fa ledodes-6.fa ledodes-6.path
cat ledodes-6.fa ledodes-7.fa \
  | MergeContigs -k87 -o ledodes-8.fa - ledodes-7.adj ledodes-7.path
ln -sf ledodes-8.fa ledodes-scaffolds.fa
PathOverlap --overlap --dot -k87 ledodes-7.adj ledodes-7.path > ledodes-8.dot

2.4 使用转录子序列进行 rescaffolding

bwa index ledodes-8.fa
bwa mem -a -t2 -S -P -k87 ledodes-8.fa transcripts.fasta \
  |gzip > long1-8.sam.gz
abyss-longseqdist -k87 long1-8.sam.gz \
  |grep -v "l=" >long1-8.dist.dot
abyss-scaffold -k87 -s200 -n1 -g ledodes-8.path.dot ledodes-8.dot long1-8.dist.dot > ledodes-8.path
PathConsensus -k87 -p0.9 -s ledodes-9.fa -g ledodes-9.adj -o ledodes-9.path ledodes-8.fa ledodes-8.dot ledodes-8.path
cat ledodes-8.fa ledodes-9.fa \
  | MergeContigs -k87 -o ledodes-10.fa - ledodes-9.adj ledodes-9.path
ln -sf ledodes-10.fa ledodes-long-scaffs.fa