1. 构建数据库的时候屏蔽参考序列的重复

segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列
dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列
windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽
convert2blastmask 根据小写字母来屏蔽

这几个都可以先得到一个含有屏蔽信息的文件。然后进行 makeblastdb 的时候输入这个文件，就可以相应的 masked 数据库了。

参考：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/

2. 比对的时候对query序列的重复进行屏蔽

blast 比对的时候，可以对 query 序列进行屏蔽。 这几个参数估计这样理解：
-seg blastp的参数，是否对query 序列使用 segmasker来屏蔽低复杂重复，默认 no
-dust blastn的参数，是否对query 序列使用 dustmasker来屏蔽低复杂重复，默认 no
-lcase_masking 对query序列的小写部分进行屏蔽
-soft_masking 是否进行软屏蔽。软屏蔽则是不会使用屏蔽的序列进行种子比对，但是可以延长时候比对。硬屏蔽，则是直接不对屏蔽序列部分进行比对。blastn的默认值是yes，blastp的默认值是no