COG分类

发表于2012 年 11 月 28 日由chenlianfu

本文讲述如何对基因组预测基因进行COG分类。

一 COG简介

COG，即Clusters of Orthologous Groups of proteins。

其网址主页为： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/。

网页版使用工具网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html。

使用说明文档网址： http://www.nlm.nih.gov/COG/old/COGhelp.html。

其FTP站点为: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/。

通过观看其主页和说明文档，可以理解为COG是NCBI的数据库。COG的中文释义即“同源蛋白簇”。COG分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为COG数据库；真核生物的一般称为KOG数据库。

COG注释作用：1. 通过已知蛋白对未知序列进行功能注释； 2. 通过查看指定的COG编号对应的protein数目，存在及缺失，从而能推导特定的代谢途径是否存在； 3. 每个COG编号是一类蛋白，将query序列和比对上的COG编号的proteins进行多序列比对，能确定保守位点，分析其进化关系。

二将序列进行COG分类的步骤

1. COG的ftp里边提供了一个名为myva的文件，该文件里面为COG数据库的蛋白质序列，有192987条。将该序列文件使用使用ncbi-blast-2.2.26+中的blastdb程序制作出一个前缀为cog的蛋白质数据库。

2. 将需要进行COG注释并分类的DNA序列或protein序列分别使用blastx或blastp比对到上一步骤建好的cog数据库中。得出xml的比对结果。

3. 根据上一步骤的比对结果，得出与query序列相似的cog蛋白id。在COG的ftp里面有一个名为whog的文件，该文件中记录着COG数据中绝大部分的蛋白质id以及其所对应的以COG开头的protein编号，同时也记录这COG编号对应的功能分类编号。因此，可以得出query序列注释的COG编号以及其功能分类编号。

4. ftp中还有一个名为fun.txt的文件，该文件记录这COG的功能分类编号，及其对编号的功能描述。

5. 因此，我编写了一个脚本程序用于COG分类注释。该脚本程序名字为cog.pl。输入为所需要进行COG分类的fasta序列文件，得出序列的比对结果和分类统计。

三将序列进行KOG分类

方法和COG的分类一致。值得注意的是KOG数据中protein的编号是以LSE或TWOG开头的。同样，我编写了一个kog.pl。

四说明补充

值得说明的是，KOG数据库中蛋白质序列数目为112920条，但是其中有protein编号的只有27887条，占25%。而COG数据库中蛋白质序列条数为192987，其中有COG编号的有129326条，占67%。所以比对结果中，很多序列比对上了KOG数据库，但是没有protein编号；而在比对到COG数据库时会好很多。

所以，可以先将序列比对到COG数据库，得出分类数据；然后将没有分类编号的序列挑选出来，再比对到KOG数据库，得出分类数据；然后将两个分类数据进行整合，然后画出COG分类图。

《COG分类》上有61条评论

JOHN WANG在2013 年 6 月 1 日下午 9:41说道：

觉得很棒，很赞。能否共享下你的脚本到我的邮箱哦？

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- chenlianfu在2013 年 6 月 1 日下午 11:29说道：
  
  你的邮箱呢？你确定你确实需要的话，我会发给你脚本。但是不负责售后。很可能程序在你机器上就运行不好的。
  
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  - yang4115在2013 年 6 月 21 日下午 10:43说道：
    
    能否也发一份你编的程序啊！我非常需要，谢谢！
    
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    - chenlianfu在2013 年 7 月 15 日下午 8:23说道：
      
      给我发邮件索要即可
      
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      - 丁啸在2014 年 4 月 28 日下午 9:04说道：
        
        你好，能发一份给我么，最近正在做这方面工作，谢谢了，dx8715@163.com
      - 张××在2016 年 11 月 3 日下午 3:30说道：
        
        能不能给我发一下脚本，万分感谢
      - 张××在2016 年 11 月 3 日下午 3:32说道：
        
        能不能给我发一份脚本，邮箱zxg19930103@yeah.net,谢谢
chenghui在2013 年 7 月 6 日下午 4:47说道：

也发一份给我，拜托！

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- chenlianfu在2013 年 7 月 15 日下午 8:24说道：
  
  给我发邮件索要即可
  
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- sam在2014 年 1 月 6 日下午 4:08说道：
  
  这个脚本，你还有吗？能给我传一个吗？
  
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jack_a_lent在2013 年 7 月 10 日下午 4:06说道：

麻烦帮我也发一份谢谢

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- chenlianfu在2013 年 7 月 15 日下午 8:24说道：
  
  给我发邮件索要即可
  
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  - 彭莉在2016 年 1 月 3 日下午 8:47说道：
    
    额，之前买的书，上面的给的链接不能用了！
    
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许国路在2013 年 7 月 15 日下午 11:16说道：

您好，我想知道，如果真核生物的基因功能分类，结合cog数据做，这样做出的功能分类可信吗？

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- chenlianfu在2013 年 7 月 16 日下午 11:36说道：
  
  真核生物使用kog来做，才可信些。其实cog和kog在2003年就没更新了。做这个东西可能没多大意义了。
  
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COG在2013 年 8 月 12 日下午 1:57说道：

麻烦也给我发一份，谢谢：）

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杨双娟在2013 年 8 月 13 日上午 10:29说道：

给我发一份你得脚本吧！谢谢！

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ZHUQIANGLONG在2013 年 8 月 22 日下午 4:15说道：

给我发一份你得脚本吧! 非常谢谢！

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小张在2013 年 8 月 29 日下午 12:10说道：

非常好的软件

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小张在2013 年 8 月 29 日下午 12:10说道：

能否发给我一份

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杨在2013 年 9 月 12 日下午 7:30说道：

非常需要这个脚本，希望楼主分享一下！非常感谢！！！

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叮当在2013 年 10 月 8 日下午 3:17说道：

非常需要这个脚本，请楼主分享一下！

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乔琴在2014 年 4 月 6 日下午 10:43说道：

cog.pl和kog.pl的脚本还有吗？谢谢博主编的书，非常好，只是缺脚本哈，尤其对我们这些不太懂编程的人来说

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郑海灵在2014 年 7 月 21 日下午 5:20说道：

您好，陈老师，在NGS生物信息分析书中，您的教材中的链接打不开，能不能发份脚本到我邮箱呢？打扰您了。

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lisa_265在2014 年 7 月 23 日下午 5:17说道：

向您要一下脚本，谢谢！

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毕桂花在2015 年 1 月 3 日上午 12:44说道：

也请发给我一份脚本吧fenghen360@126.com
谢谢陈博

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ChaoYe在2015 年 4 月 2 日下午 7:43说道：

老师能否也发一份COG和KOG的脚本给我呢？谢谢！

回复 ↓
- ChaoYe在2015 年 4 月 2 日下午 7:44说道：
  
  我的邮箱yechao1234567890@126.com
  
  回复 ↓
shijingtian在2015 年 5 月 8 日下午 11:11说道：

陈老师，我正在做基因组注释，能否发一个cog.pl脚本，十分感谢！！！
邮箱:tsjhzau@qq.com

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cshen在2015 年 10 月 21 日下午 7:45说道：

陈老师，看了您的博客，写的很好，我最近也在做相关的注释，能否把脚本给我发一份呢？谢谢！我的邮箱cshen226@126.com，十分感谢！！

回复 ↓
winjvl在2015 年 12 月 10 日下午 8:07说道：

老师，最近在做相关的实验，能否麻烦您发一份 cog.pl 的脚本到我邮箱呢？谢谢。13142214681@163.com

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孟沛琦在2016 年 1 月 2 日下午 4:41说道：

陈老师，您好！看了您的博客，写得很好！我在做细菌的基因组注释，能否麻烦您发一个cog.pl脚本？跪谢！！！
邮箱:mengpeiqi_9343@126.com

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彭莉在2016 年 1 月 4 日下午 1:45说道：

能发个脚本？

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薛婷在2016 年 1 月 26 日下午 5:39说道：

老师，您好！谢谢您分享的这么宝贵的经验，我在做细菌的基因组注释，正在发愁如何做COG 分析，看了您的分享，如获至宝，能否麻烦您发一个cog.pl脚本？非常感谢！
邮箱:xueting221314@126.com

回复 ↓
wenjie在2016 年 2 月 18 日下午 4:25说道：

老师，您好！谢谢您分享,能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！
邮箱:05wenjie@163.com

回复 ↓
徐林在2016 年 3 月 17 日下午 5:40说道：

陈老师，您好！看了您的博客，很有感触！我在做细菌的基因组注释，能否麻烦您发一个cog.pl脚本？跪谢！！！

回复 ↓
jshang在2016 年 4 月 9 日下午 7:53说道：

老师，您好！谢谢您分享,能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！邮箱:277877692@qq.com

回复 ↓
liyw在2016 年 5 月 4 日上午 9:34说道：

老师，您好！能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！我的邮箱是:10567487@qq.com

回复 ↓
郑学伟在2016 年 6 月 2 日下午 1:19说道：

老师，您好！能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！我的邮箱是xiangvswei418529@sina.com 谢谢！

回复 ↓
朱强龙在2016 年 6 月 12 日上午 11:56说道：

陈老师，您好！能否麻烦您发cog.pl和kog.pl给我，非常感谢！我的邮箱是longzhu2011@126.com 谢谢！

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刘彬在2016 年 7 月 3 日上午 11:05说道：

觉得很棒，很赞。能否共享下您的cog_from_xml.pl cog_R.pl脚本到我的邮箱哦？liu207702@163.com

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hongna在2016 年 8 月 10 日上午 9:54说道：

陈老师您好，COG数据库现在有一个更新版的COG2014，不知道您是否知道怎么使用它进行基因注释，能否分享一下？

回复 ↓
michael在2016 年 8 月 21 日下午 8:32说道：

老师，您好！能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！

回复 ↓
michael在2016 年 8 月 21 日下午 8:32说道：

老师，您好！能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！邮箱是micheal_your@sina.com

回复 ↓
leoevil在2016 年 9 月 15 日上午 12:55说道：

可以给我一份脚本吗万分感谢

回复 ↓
wang在2016 年 10 月 24 日下午 3:27说道：

能给我发一份脚本吗还有R程序谢谢我的邮箱是3308396332@qq.com

回复 ↓
shen在2016 年 11 月 9 日上午 10:23说道：

樊博士您好，能否麻烦您发一个cog.pl和kog.pl脚本？非常感谢！邮箱是1490025927@qq.com。

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wellinl在2016 年 11 月 9 日上午 10:25说道：

老师您好，看了您的博客，写的很好，我最近也在做相关的注释，能否把脚本给我发一份呢？谢谢！我的邮箱1391074572@qq.com，十分感谢！！

回复 ↓
钱桂平在2016 年 11 月 16 日下午 4:26说道：

程序也发我一份吧，谢谢啦

回复 ↓
李武辉在2016 年 11 月 16 日下午 10:14说道：

能发一份给我吗，liwuhui11@163.com

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赵强在2016 年 11 月 23 日下午 9:00说道：

陈老师，您好！我在做细菌的基因组注释，能否麻烦您发一个cog脚本？谢谢！
邮箱:zhaoqiang.1985@aliyun.com

回复 ↓
韩文昊在2016 年 11 月 24 日上午 12:12说道：

陈老师，您好！我在做混合体系的宏基因组注释，能否麻烦发下COG和KOG脚本？谢谢！
邮箱:812016105@qq.com

回复 ↓
范伟在2016 年 11 月 28 日下午 4:06说道：

陈老师，您好！正在做有关基因注释方面的，遇到一些问题，能否请您发一份COG脚本，非常感谢！

回复 ↓
钟伟民在2016 年 11 月 30 日下午 5:27说道：

陈老师，能否分享一下您的kog.pl 脚本，目前正在做这块，急需。我的邮箱：1010357043@qq.com
谢谢

回复 ↓
luca在2016 年 12 月 2 日下午 2:30说道：

老师您好，最近在学习COG注释，能否共享下您的cog_from_xml.pl cog_R.pl脚本到我的邮箱378713742@qq.com？谢谢！

回复 ↓
杨广在2016 年 12 月 12 日下午 8:44说道：

能给我一份和怎么使用吗?谢谢,我的邮箱是3308396332@qq.com

回复 ↓
祝海军在2017 年 1 月 6 日下午 4:42说道：

老师，您好，不知道能不能共享下您的cog_from_xml.pl cog_R.pl脚本到我的邮箱616501831@qq.com，最近正在学习这方面的知识，谢谢。

回复 ↓
lyz在2017 年 1 月 11 日下午 6:50说道：

老师您好，最近在学习COG注释，能否共享下您的cog_from_xml.pl cog_R.pl脚本到我的邮箱1466554686@qq.com？谢谢！

回复 ↓
- gaoyang在2017 年 4 月 5 日上午 10:06说道：
  
  您好，我最近也在做COG注释，cog_from_xml.pl cog_R.pl这连个鬼脚本能否发一下给我？非常感谢您！
  我的邮箱：Gyn667300228@163.com
  
  回复 ↓
  - gaoyang在2017 年 4 月 5 日上午 10:09说道：
    
    不好意思，写错字了，cog_from_xml.pl cog_R.pl这两个脚本能否发我一下，Gyn667300228@163.com。谢谢您！
    
    回复 ↓
Yuhong在2017 年 8 月 4 日下午 10:29说道：

您好，老师。可否方便共享一下这两个脚本。。cog_from_xml.pl cog_R.pl。谢谢。

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COG分类

一 COG简介

二将序列进行COG分类的步骤

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