LSU rDNA，large subunit rDNA，核糖体大亚基脱氧核糖核酸。LSU rDNA序列能转录出LSU rRNA（核糖体大亚基核糖核酸）。LSU rRNA和SSU rRNA是核糖体的主要组成成分。LSU rDNA序列长度：真核生物在Rfam数据库编号为RF02543，长度3401 bp；细菌在Rfam数据库编号RF02541，长度2925 bp；古菌在Rfam数据库编号RF02540，长度2990 bp。使用Infernal软件将DNA序列和Rfam数据库中的LSU rRNA家族cm模型进行比较进行鉴定。

SSU rDNA，small subunit rDNA，核糖体小亚基脱氧核糖核酸。SSU rDNA序列能转录出SSU rRNA（核糖体小亚基核糖核酸）。LSU rRNA和SSU rRNA是核糖体的主要组成成分。SSU rDNA序列长度：真核生物在Rfam数据库编号为RF01960，长度1851 bp；细菌在Rfam数据库编号RF00177，长度1533 bp；古菌在Rfam数据库编号RF01959，长度1477 bp。使用Infernal软件将DNA序列和Rfam数据库中的LSU rRNA家族cm模型进行比较进行鉴定。yi

ITS region，internal transcribed spacer region，内转录间隔区。rDNA序列能转录出的前体RNA（pre-RNA，precursor RNA）包含LSU rRNA和SSU rRNA，以及两者之间的5s或5.8s rRNA。在该前体RNA序列上不同rRNAs的内部并将rRNAs隔离开的转录区域，即为内转录间隔区。它一般包含两个区域ITS1和ITS2。前者指SSU往5s或5.8s之间的区域，后者指5s或5.8s往LSU之间的区域。SSU和LSU rDNA序列位于基因组上，中间隔着5s或5.8s rDNA序列。它们一起作为一个重复单元，在基因组上串联重复许多次。若转录起始位点位于以上重复单元上游某区域，则相应的外转录间隔区则是LSU和SSU之间的一段序列，位于前体RNA两端不属于rRNA的序列；若转录的对象不是一个重复单元，而是整个重复序列全部，则LSU和SSU之间的序列也应该是内转录组间隔区，或者称为ITS3区域。在真和生物中，SSU 的沉降系数是18s，LSU是28s；在原核生物中SSU是16s，LSU是26s。在原核生物中仅存在5s rRNA；在真核生物基因组中一般同时有5s和5.8s rRNA。在真核生物中，rDNA重复单元中一般仅有5.8s，但有些物种也包含5s。由于LSU和SSU rDNA序列非常保守，可能无法用于物种的区分。此时，采用进化速度约高10倍的ITS序列进行鉴定是更加有效的。若需要检测基因组上的ITS序列，则需要先使用Infernal软件基于Rfam数据鉴定出LSU、SSU、5s和5.8s rDNA序列后，在分析ITS1和ITS2序列。

RPB2，RNA polymerase beta(II) subunit 2，RNA聚合酶II第二亚基。RNA聚合酶II用于DNA介导下合成mRNA，在遗传信息的转录中发挥重要作用。它由12个亚基构成，其中最大的亚基是RPB1，第二大的亚基是RPB2。RPB1基因通常在大部分物种中是多拷贝的，而RPB2基因则是单拷贝的。故RPB2基因比RPB1更适合于物种的分类和鉴定。该蛋白序列比较大，有约1200 aa，可使用Pfam数据库进行鉴定，要求其蛋白序列同时具有7个结构域（PF04563、PF04561、PF04565、PF04566、PF04567、PF00562、PF04560），才能鉴定其为RPB2蛋白。因为RNA聚合酶I、II和III第二大亚基的蛋白序列是非常相似的，整个基因组中可能有2~3个基因的蛋白序列都能鉴定到这7个结构域，此时选择其中最优的基因（对7个结构域的覆盖率高达98~100%）作为RPB2基因。

TUBB，tubulin beta chain，β-tubulin。β-tubulin是微管蛋白三种亚基之一，细胞骨架中的重要组成成分。细胞骨架是细胞内的一种支持结构，它包括微管、微丝和中间丝等结构，起到维持细胞形态、细胞运动以及细胞内物质运输的重要作用。微管蛋白是由α-、β-微管蛋白分子聚合而成的异二聚体，α-和β-两种亚基分别与GTP和GDP结合。β-微管蛋白是微管的动态单位，其组装后即在 β-微管蛋白处发生 GTP 水解。将蛋白序列和Swiss-Prot数据库进行比对，其结果应该是“Tubulin beta chain”。不推荐使用Pfam数据库对β-tubulin蛋白进行鉴定，因为alpha、beta和gamma三种类型的tubulin chains都具有PF00091（Tubulin/FtsZ family, GTPase domain）和PF03953（Tubulin C-terminal domain）结构域。β-tubulin基因一般是多拷贝基因。

EF-Tu，EF-1A，EF-1alpha，elongation factor Tu，延伸因子Tu。EF-Tu在蛋白质合成过程中的作用是确保正确的氨酰-tRNA选择，并促进蛋白质链的延长。它能够与氨酰-tRNA形成一个稳定的复合物，将其带到核糖体A位上，使氨酰-tRNA与mRNA上的密码子完全配对。然后，核糖体通过水解三磷酸腺苷（GTP）来释放EF-Tu，并继续蛋白质的合成。EF-Tu包含3个结构域PF00009（Elongation factor Tu GTP binding domain）、PF03144（Elongation factor Tu domain 2） 和PF03143（Elongation factor Tu C-terminal domain）。可使用Pfam数据库进行分析，要求其蛋白序列同时具有以上3个结构域，则鉴定为EF-Tu基因。EF-Tu基因一般是多拷贝的。