一. Quake简介

Quake是由CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)开发的运用于修正序列错误的软件。Quake采用k-mer的错误修正方式，特别适合于Illumina测序的short reads数据,将reads中的错误碱基进行修正，同时，必须要满足碱基的基因组覆盖度要>15X。其文章2010年发表在Genome Biology上。

二. Quake的安装

1. 下载并安装Boost
2. 下载Quake并安装

$ wget http://www.cbcb.umd.edu/software/quake/downloads/quake-0.3.4.tar.gz
$ tar zxf quake-0.3.4.tar.gz
$ cd Quake/src
$ make

3. 安装JELLYISH，并将jellyfish链接到quake

$ ln -s ..../jellyfish ../bin/jellyfish
这一步需要安装jellyfish，然后将其软链接到Quake的bin目录下。或者修改Quake的bin
目录下的quake.py脚本，将jellyfish所在的目录进行修正。

4. 安装R及R的软件包VGAM

$ R
> install.packages("VGAM")
> q(save="no")

5. 使用Quake的bin目录下的quake.py来运行程序

三. quake的使用参数

1. 主要参数：

-r READSF
    Fastq文件名
-f READS_LISTF
    一个文件，其中包含fastq文件名，每行一个文件名；如果是双末端reads，则是一行两
个文件名
-k K
    使用的k-mer的长度。如果基因组大小为G，则k-mer长度选择为: k ~= log(200G)
/log(4)
-p PROC  default: 4
    使用的CPU线程数
-q QUALITY_SCALE
    使用的碱基质量格式，一般是64或33.如果不给出，则软件会自行猜测

2. 计算k-mer参数：

--no_jelly
    使用quake自带的一个简单的程序来进行k-mer计数，而不是使用jellyfish。该程序
是单线程运行，速度相对慢，能满足像微生物基因组这样的小基因组测序，但是不适合于大的基
因组。
--no_count  default: false
    不进行k-mer计数，而其计数结果已经存于在目标文件[readsfile].qcts和[reads
file].cts中了。
--int  default:false
    对kmers以整数的方式进行计数，而不使用碱基质量值。默认情况下是利用到了碱基质量，
计数的称为qmer。
--hash_size=HASH_SIZE
    Jellyfish的参数，用来设置Hash的大小。如果不设置，Quake则会使用k来估计出一
个值来。

3. 覆盖度模型参数：

--no_cut  default: false
    Quake使用k-mer计数来画直方图，通过调用R脚本cov_model_qmer.r来画直方图，并
决定出Coverage cutoff的阈值。默认情况下是最优化的模型，从而得出一个cutoff的Co
verage值，此值将输出到文件cutoff.txt中。
--ratio=RATIO
    确定Coverage cutoff值的时候，该值处对应的qmer错误的可能性是正确的可能性的
倍数(默认是200倍)，即正确率不足0.5%。该值越小，则阈值越松。

4. reads的修正参数：

-l MIN_READ
    输出的长度>=此值的修正后的reads。很多reads由于修正或修剪后会较短
--headers
    输出的fastq文件使用的头和原始文件一致，不包含修正信息
--log
    输出一个log文件，里面包含所有的修正日志，包括"碱基质量 位置 新的碱基 旧的碱基"。

四. Quake的结果

使用Quake对双末端测序文件 A.fastq 和 B.fastq 进行reads修正，则产生如下结果文件：

A.cor.fastq  B.cor.fastq
    修正过后的reads文件               
A.cor_single.fastq  B.err_single.fastq
    A文件中修正过后的reads结果；而B文件中的序列则是error reads
A.err_single.fastq  A.cor_single.fastq
    B文件中修正过后的reads结果；而A文件中的序列则是error reads
A.err.fastq  B.err.fastq
    A和B文件中成对的reads都是error reads

五. Quake的correct程序

Quake的bin文件中有一支C++的程序，用于reads的修正。其实Quake.py在运行过程会调用该程序，但是当出现基因组覆盖度较低，而cutoff的值出现异常结果，比如小于1时，可以考虑使用该程序来重新对reads进行修正，取cutoff值为1.0。其使用方法为：

$ correct -f [fastq list file] -k [k-mer size] -c [cutoff] -m [counts file] -p 24