1. SOAPdenovo 和 Velvet组装基因组是否需要对reads进行预处理？

使用soapdenovo组装基因组，需要先对reads进行预处理，去掉质量不好的reads，剪掉3’端和5’端的一些碱基；然后再进行组装。而使用velvet时候，则不需要，可能是由于velvet的cutoff比较好。
这个结论得出方法：将reads进行预处理前后分别用于组装出基因组，然后再使用bowtie2将两种reads比对到两种基因组组装结果，观察reads比对上的百分比得出。reads的预处理方法是去除低质量reads并将100bp的reads前后各减去5bp碱基。
对于soapdenovo:

                      未处理reads比对率         预处理reads比对率
未处理reads基因组          65.84%                   66.10%
预处理reads基因组          66.68%                   66.99%

对于velvet:

                      未处理reads比对率         预处理reads比对率
未处理reads基因组          86.41%                   88.10%
预处理reads基因组          70.09%                   71.62%

通过以上的对比和数据可以看出：1.velvet组装出的基因组的精确性要比soapdenovo高；2.对reads进行预处理对soapdenovo组装的基因组的精确性影响较小，预处理reads后，组装出的基因组精确性稍有提高；3.使用velvet组装基因组时，不对reads进行预处理组装出的基因组精确性高很多。
讨论：1.数据量不够多，碱基覆盖度只有20~25X, 以上结论具有一定的片面性; 2.velvet在对kmer进行cutoff的算法很棒，因而组装出的基因组精确性高。