一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb
一般用到的格式如下:
makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
注意:BLAST+2.2.24中这个参数不要加 -parse_seqids,不然成死循环
-in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白 -title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数) -parse_seqids 推荐加上,现在有啥原因还没搞清楚 -out 后接数据库名,自己起一个有意义的名字,以后blast+搜索时要用到的-db的参数 -logfile 日志文件,如果没有默认输出到屏幕