BLAST+中makeblastdb参数详解

一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb

一般用到的格式如下:

makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

注意:BLAST+2.2.24中这个参数不要加 -parse_seqids,不然成死循环

-in 后接输入文件,你要格式化的fasta序列
-dbtype 后接序列类型,nucl为核酸,prot为蛋白
-title 给数据库起个名,好看~~(不能用在后面搜索时-db的参数)
-parse_seqids 推荐加上,现在有啥原因还没搞清楚
-out 后接数据库名,自己起一个有意义的名字,以后blast+搜索时要用到的-db的参数
-logfile 日志文件,如果没有默认输出到屏幕

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