从blastn页面上的简单帮助可以看到Highly similar sequences (megablast)多用于比较相似性比较高（相似性在95%以上）的序列，速度快；More dissimilar sequences (discontiguous megablast)用于相似性稍低于megablast的比对，但是灵敏度和精确度更高，多用于不同物种间的同源比对；而Somewhat similar sequences (blastn)用于比对相似性较差的序列，可以比对最短7个碱基的长度，所以比对精确度最高，比对结果最多，速度最慢。

所以，在选择的时候根据你提交的序列和搜索的目的进行选择，如果是想看这段序列在数据库当中是否有收录，可以用megablast，如果想用其他物 种的基因注释信息来注释一个未注释物种的序列，可以选择discontiguous megablast，如果想得到更多更全面的结果，可以选择blastn。

说完blastn，接着说blastp~blsatp中也有三个不同的算法可以选择，如下：

blastp (protein-protein BLAST)就是简单地进行蛋白与蛋白的比对，寻找蛋白质相
似序列；

PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)叫做位点特异性迭代比对，它
在蛋白质数据库中循环搜索查询蛋白质，所有前一次被psi-blast发现的统计显著蛋白质序
列将整合成新记分矩 阵，通过多次迭代比对，直到不再发现统计显著的新蛋白质；

PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST)可以在搜索的时候限定蛋白质的模式
（pattern），只给出包含此模式的比对结果。

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对

1. Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 Standard protein BLAST is designed for protein searches. Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。

2. PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对 PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches. Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp 比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（”hypothetical protein” or “similar to…”），你可以选择PSI-BLAST重新试试。

3. PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search. PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。

PHI的语法详细介绍看这里：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html