SequenceServer的安装

出自http://www.sequenceserver.com/

SequenceServer这个软件开发出来不久。其作用是将 blast+ 整合到本地网络中。能自动识别出本地的数据库,界面简洁易用。和 wwwblast 功能类似。

1 安装需要Ruby (>= 1.8.7), RubyGems (>= 1.3.6), and NCBI BLAST+ (>= 2.2.25+).

# yum install *ruby*  #安装很多ruby相关软件,不然运行会出问题,特别是缺少
ruby-devel
NCBI BLAST+ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2 安装sequenceserver

# gem install sequenceserver

3  配置sequenceserver

# sequenceserver   运行软件生成带有注释的配置文件
# vim .sequenceserver.conf 将注释文件进行修改,加入blast路径
bin: ~/ncbi-blast-2.2.26+/bin/
database: /Users/me/blast_databases/

4 blast数据库的创建

<1> 使用 sequenceserver 来调用 makeblastdb 进行数据库创建

$ sequenceserver format-databases directory_with_fasta_files

<2> 使用 blast+ 本身所带 makeblastdb 来创建数据库

$ makeblastdb -dbtype <db type> -title <db title> -in <db> -parse_seqids

5 通过 passenger 在 Apache 或 Nginx 上运行 SequenceServer

# gem install passenger

for apache2 
# passenger-install-apache2-module   #按提示进行设置

for nginx 
# passenger-install-nginx-module

6 部署服务器设置

在 https://github.com/yannickwurm/sequenceserver 下载 sequencesercer 
将 sequenceserver-0.8.0.3.zip 解压到 /var/www/sequenceserver/. 使该文
件夹下存在 public 这个文件夹。
# vim /etc/http/conf/http.conf  并加入以下数行

<VirtualHost *:80>
    DocumentRoot /var/www/sequenceserver/public
    ServerName http://sequenceserver.hzaumycology.com
#前提条件是申请了sequenceserver.hzaumycology.com这个域名
    <Directory /var/www/sequenceserver/public>
        AllowOverride all
        Options -MultiViews
    </Directory>
</VirtualHost>

# /etc/init.d/httpd restart

7 运行 passenger 和 sequenceserver

# nohup passenger start &
# nohup sequenceserver &

若想要开机运行这两个命令,则
# vim /etc/rc.local  在末尾添加 passenger start &
sequenceserver &

 8 修改 .sequenceserver.conf 配置文件

可以选择修改端口,默认端口为4567,则要
# vim /etc/sysconfig/iptables   在相应位置加入一行
-A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 4567 -j ACCEPT
# /etc/init.d/iptables restart   重启iptables服务

根据服务器配置修改线程数,默认为1.

9  以上配置不出现错误,则可以在浏览器中进行 sequenceserver 访问了.

浏览器中输入: http://sequenceserver.hzaumycology.com:4567

则会出现一个简洁漂亮的界面了!

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