出自http://www.sequenceserver.com/
SequenceServer这个软件开发出来不久。其作用是将 blast+ 整合到本地网络中。能自动识别出本地的数据库,界面简洁易用。和 wwwblast 功能类似。
1 安装需要Ruby (>= 1.8.7), RubyGems (>= 1.3.6), and NCBI BLAST+ (>= 2.2.25+).
# yum install *ruby* #安装很多ruby相关软件,不然运行会出问题,特别是缺少 ruby-devel NCBI BLAST+ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
2 安装sequenceserver
# gem install sequenceserver
3 配置sequenceserver
#sequenceserver 运行软件生成带有注释的配置文件 # vim
.sequenceserver.conf
将注释文件进行修改,加入blast路径 bin: ~/ncbi-blast-2.2.26+/bin/ database: /Users/me/blast_databases/
4 blast数据库的创建
<1> 使用 sequenceserver 来调用 makeblastdb 进行数据库创建
$ sequenceserver format-databases directory_with_fasta_files
<2> 使用 blast+ 本身所带 makeblastdb 来创建数据库
$ makeblastdb -dbtype <db type> -title <db title> -in <db> -parse_seqids
5 通过 passenger 在 Apache 或 Nginx 上运行 SequenceServer
# gem install passenger for apache2 # passenger-install-apache2-module #按提示进行设置 for nginx # passenger-install-nginx-module
6 部署服务器设置
在 https://github.com/yannickwurm/sequenceserver 下载 sequencesercer 将 sequenceserver-0.8.0.3.zip 解压到 /var/www/sequenceserver/. 使该文 件夹下存在 public 这个文件夹。
# vim /etc/http/conf/http.conf 并加入以下数行 <VirtualHost *:80> DocumentRoot /var/www/sequenceserver/public ServerName http://sequenceserver.hzaumycology.com #前提条件是申请了sequenceserver.hzaumycology.com这个域名 <Directory /var/www/sequenceserver/public> AllowOverride all Options -MultiViews </Directory> </VirtualHost> # /etc/init.d/httpd restart
7 运行 passenger
和 sequenceserver
# nohuppassenger
start & # nohup sequenceserver & 若想要开机运行这两个命令,则 # vim /etc/rc.local 在末尾添加passenger
start & sequenceserver &
8 修改 .sequenceserver.conf 配置文件
可以选择修改端口,默认端口为4567,则要 # vim /etc/sysconfig/iptables 在相应位置加入一行 -A RH-Firewall-1-INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 4567 -j ACCEPT # /etc/init.d/iptables restart 重启iptables服务 根据服务器配置修改线程数,默认为1.
9 以上配置不出现错误,则可以在浏览器中进行 sequenceserver 访问了.
浏览器中输入: http://sequenceserver.hzaumycology.com:4567
则会出现一个简洁漂亮的界面了!