使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据

1. Aspera简介

Aspera提供了大文件高速传输方案,适合于大数据的传输。客服端的使用是免费的。

2. Aspera下载和安装

Aspera下载网页: http://downloads.asperasoft.com/connect2/

$ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz
$ tar zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz
$ sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh
$ echo 'PATH=$PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
$ ascp --help

软件安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下。

3. Aspera 的使用

例子,使用 Aspera 高速下载 NCBI或 EBI 上的数据:

$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
  --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv \
  /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./
$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
  anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ERR/ERR105/ERR105009/ERR105009.sra ./

$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
  --host=fasp.sra.ebi.ac.uk --user=era-fasp --mode=recv \
  /vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./
$ ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
  era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./

Aspera 的用法和简单参数:

Aspera的用法:
$ ascp [参数] 目标文件 目的地址

Aspera的常用参数:
-T
    不进行加密。若不添加此参数,可能会下载不了。
-i string
    输入私钥,安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥,使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。
--host=string
    ftp的host名,NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov;EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
--user=string
    用户名,NCBI的为anonftp,EBI的为era-fasp。
--mode=string
    选择模式,上传为 send,下载为 recv。
-l string
    设置最大传输速度,比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数,则一般可达到10m/s的速度,而设置了,传输速度可以更高。

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