使用wtdbg2利用三代数据进行基因组de novo组装

wtdbg2软件下载与安装

$ wget https://github.com/ruanjue/wtdbg2/archive/v2.4.tar.gz -O ~/software_packages/wtdbg-v2.4.tar.gz
$ tar zxf /share/disk02_8T/home/chenlianfu/software_packages/wtdbg-v2.2.tar.gz -C /opt/biosoft/
$ cd /opt/biosoft/wtdbg2-2.4/
$ make -j 4
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/wtdbg2-2.4' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc

wtdbg2软件使用

进行基因组装
$ wtdbg2 -t 16 -i reads.fa.gz -fo prefix -L 5000

得到一致性序列
$ wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay -fo prefix.ctg.lay.fa

利用三代reads的比对结果对基因组序列进行打磨修正
$ minimap2 -t 16 -x map-pb -a prefix.ctg.lay.fa reads.fa.gz | samtools view -Sb - >prefix.ctg.lay.map.bam
$ samtools sort prefix.ctg.lay.map.bam prefix.ctg.lay.map.srt
$ samtools view prefix.ctg.lay.map.srt.bam | ./wtpoa-cns -t 16 -d prefix.ctg.lay.fa -i - -fo prefix.ctg.lay.2nd.fa

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注

此站点使用Akismet来减少垃圾评论。了解我们如何处理您的评论数据