1. 华大基因释放数据邮件信息
在华大基因测序完成后,释放数据的邮件信息示例:
XXX老师: 您好! 您该项目 XXXXX 数据已上传,请按照以下说明操作: 1. 下载GUI软件并解压,链接:https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/AZjime Windows64位系统(推荐使用):双击GUI-win\GUI-win-3.0目录下Windows批处理文件bgionline_gui.bat,打开登录界面 Windows32位系统:参考上述链接下的帮助文档 OS X和Linux系统:将当前路径移到解压文件夹,在命令行执行“sh bgionline.sh”登录界面 2. 输入账号、密码 账号:20190227F18FTSCCWLI4389 密码:WHFUNrdmE_20190227
2. 安装BGI Online CLI
若在windonws图形化界面中下载数据,则比较简单方便。若数据量较大,推荐使用Linux命令行下载数据,直接下载到服务器上。则需要安装BGI Online CLI软件:
安装软件 $ pip install bgionline 更新软件 $ pip install --upgrade bgionline
3. 使用命令行方式下载数据
$ bo login Logging into https://app.bgionline.cn:1001 Username: 20190227F18FTSCCWLI4389 Password: WHFUNrdmE_20190227 输入邮件中的用户名和密码,即可生成相应的配置文件夹~/.bgionline/。 ou are now logged in. Your configurations are stored in /share/disk02_8T/home/chenlianfu/.bgionline/setting. Use bo select to choose your working project... Available projects: +-------+--------------------------------------+-------------------------+ | index | project id | project name | +-------+--------------------------------------+-------------------------+ | 0 | 3d7d64df-b0a6-439a-a443-fb73058f9925 | 20190227F18FTSCCWLJ4389 | +-------+--------------------------------------+-------------------------+ Pick a numbered choice :0 选择一个目标项目。 Setting current project to: 20190227F18FTSCCWLJ4389 $ bo ls F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD/ 可以列出选定项目中的文件信息 $ bo tree / └──F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD └──Upload_Delivery_F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD_PureSequence ├──BGI_result │ └──Separate 4 directories 以树形式列出选定项目中所有的文件夹层次信息 $ bo dowload / ./ 将项目中的所有文件夹下载到当前工作目录下。