使用BGI Online CLI下载华大基因释放的数据

1. 华大基因释放数据邮件信息

在华大基因测序完成后,释放数据的邮件信息示例:

XXX老师:

您好!

您该项目 XXXXX 数据已上传,请按照以下说明操作:

1. 下载GUI软件并解压,链接:https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/AZjime
Windows64位系统(推荐使用):双击GUI-win\GUI-win-3.0目录下Windows批处理文件bgionline_gui.bat,打开登录界面

Windows32位系统:参考上述链接下的帮助文档

OS X和Linux系统:将当前路径移到解压文件夹,在命令行执行“sh bgionline.sh”登录界面

2. 输入账号、密码
账号:20190227F18FTSCCWLI4389
密码:WHFUNrdmE_20190227

2. 安装BGI Online CLI

若在windonws图形化界面中下载数据,则比较简单方便。若数据量较大,推荐使用Linux命令行下载数据,直接下载到服务器上。则需要安装BGI Online CLI软件:

安装软件
$ pip install bgionline
更新软件
$ pip install --upgrade bgionline 

3. 使用命令行方式下载数据

$ bo login
Logging into https://app.bgionline.cn:1001
Username: 20190227F18FTSCCWLI4389
Password: WHFUNrdmE_20190227
    输入邮件中的用户名和密码,即可生成相应的配置文件夹~/.bgionline/。
ou are now logged in. Your configurations are stored in /share/disk02_8T/home/chenlianfu/.bgionline/setting. 

Use bo select to choose your working project...

Available projects:

+-------+--------------------------------------+-------------------------+
| index | project id                           | project name            |
+-------+--------------------------------------+-------------------------+
|   0   | 3d7d64df-b0a6-439a-a443-fb73058f9925 | 20190227F18FTSCCWLJ4389 |
+-------+--------------------------------------+-------------------------+
Pick a numbered choice :0
    选择一个目标项目。
Setting current project to: 20190227F18FTSCCWLJ4389 

$ bo ls
F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD/
    可以列出选定项目中的文件信息
$ bo tree
/
└──F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD
   └──Upload_Delivery_F18FTSCCWLJ4389_FUNrdmD_PureSequence
        ├──BGI_result
        │    └──Separate

4 directories 
    以树形式列出选定项目中所有的文件夹层次信息

$ bo dowload / ./
    将项目中的所有文件夹下载到当前工作目录下。

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