使用Supernova对10x genomics测序数据进行基因组De novo组装

1. Supernovo软件下载和安装

在10x genomics官网的Supernovo下载页面填写资料,会给出下载命令。

curl -o supernova-2.1.1.tar.gz "http://cf.10xgenomics.com/releases/assembly/supernova-2.1.1.tar.gz?Expires=1558654333&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cDovL2NmLjEweGdlbm9taWNzLmNvbS9yZWxlYXNlcy9hc3NlbWJseS9zdXBlcm5vdmEtMi4xLjEudGFyLmd6IiwiQ29uZGl0aW9uIjp7IkRhdGVMZXNzVGhhbiI6eyJBV1M6RXBvY2hUaW1lIjoxNTU4NjU0MzMzfX19XX0_&Signature=Pnfu7Dty-bxyagrAeSN5Amqz~25hhExNHni4MIbtccZWrP590nE0MsmfxLWJsE9508Ae8rio4JmvlHw5LCk9blp~BGdLkkMqg5r1kgWOshEfKnsksvgNCzk6moOfdHEIRyUV1DwYFiy-M3vEDdRBFcNMVvGTbhGzRb~lmu5VVHV8JCRl6FCT1BvjtIe0xy4Jq6gpIgI3NRAREJZ3-Bbrko7JE0sJItsTwx6MpND-nmxvNkZ~iY69lx6zOWEqsRnxm4BlvLAkjuJ~6am0ROBaxAdDup8iaxYvLVGzZzW44GN7-f5OyRCCcbd6zo86QtRPzBNtZJbeqFg9R5W35VQI0g__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

Supernovo软件当前最新版本为v2.1.1,解压缩安装后,直接是二进制预编译版本,可以直接在CentOS系统上使用。

tar zxf supernova-2.1.1.tar.gz -C /opt/biosoft/
echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/supernova-2.1.1/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

2. 示例数据下载和Supernovo使用

2 thoughts on “使用Supernova对10x genomics测序数据进行基因组De novo组装

发表评论

电子邮件地址不会被公开。 必填项已用*标注

此站点使用Akismet来减少垃圾评论。了解我们如何处理您的评论数据