R软件常规操作

在Linux系统上安装R软件

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.5.3.tar.gz -P ~/software/
tar zxf ~/software/R-3.5.3.tar.gz
cd R-3.5.3/
./configure --prefix=/opt/sysoft/R-3.5.3
make -j 4
make install
cd .. && rm R-3.5.3/ -rf
echo 'PATH=/opt/sysoft/R-3.5.3/bin/:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

自己设置R包的安装源并安装R包

设置CRAN源,用于安装R包。

R
> options(repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
> install.packages(c('ggplot2', 'gplots', 'ape'))
> install.packages("devtools", repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN")

设置 Bioconductor源,用于安装生信R包。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
> biocLite(c('edgeR', 'fastcluster', 'limma', 'DESeq2', 'Biobase', 'qvalue', 'seqLogo', 'pathview'))

下载并安装软件包时提示错误status was ‘SSL connect error’

原因是nss版本较低,更新nss即可。

# yum -y update nss

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