GO富集分析

一、程序与文件准备
1. 下载并安装libgd,gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息,比如版本和库文件和头文件所在的路径。
2. 在cpan中下载GD并安装。网址:http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下:

# cd GD-2.XX
# perl Makefile.PL
# make
# make test (optional)
# make html (optional)
# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本,看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。
3. 安装GO-TermFinder。网址:http://search.cpan.org/。
4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址:http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。

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