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go.class的制作

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方法：

1. 使用OBO-Edit来搜索GO二级水平term包含的terms，并生成相应的obo文件；
2. 使用编写的perl程序来提取obo文件中的内容。

过程：

1. 下载gene_ontology.1_2.obo文件。

下载网页：http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml

2. 安装OBO-Edit并运行。

在官网http://www.oboedit.org/上下载OBO-Edit并安装。
文章写的时间对应的版本是oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh (45.0 MB)
# sh oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh
按提示进行安装。
$ rm oboedit_config -rf
$ OBO-Edit
运行该程序需要java支持。

3. 使用gene_ontology.1_2.obo文件来search，得到二级水平的GO term的子terms。

1. File菜单下Load Ontologies，载入gene_ontology.1_2.obo文件;
2. File菜单下Save as，进入Write ontology画面；
3. 点击Advanced——点击Add——输入保存路径(biological adhesion为例)——打勾Filter terms——点击+号——Find terms that have a ID that equals the value GO:0022610 in Ancestor that can be reached via any tyep——点击OK
4. 等待一段时间，则会生成文件名为“biological ahension”的obo文件

4. 对每一个GO二级水平的term都进行这样的search和save，得到很多obo文件。使用perl程序make_go_class.pl来生成go.class文件。

$ perl make_go_class.pl *    #其中*代表生成的所有的obo文件
该程序以‘>>'的方式写入到文件句柄中，注意不要重复命令。

5. 还有GO二级terms本身没有加入到go.class中去。按以上的search和save方式进行其obo文件的制作，不同的是将Ancestor换成Parent。得到的obo文件使用make_go_class.pl来成才go.class文件。该go.class文件是错误的，需要手动修改后再整合到总的go.class文件中去。
6. 最后生成了go.class文件为最新的文件了。但是使用http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=586中的方法做GO分类图的时候，依旧提示error的GO号，这些GO号都是废弃了的GO号。
7. go.class文件下载（2013.2.27）

GO富集分析

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一、程序与文件准备
1. 下载并安装libgd，gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息，比如版本和库文件和头文件所在的路径。
2. 在cpan中下载GD并安装。网址：http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下：

# cd GD-2.XX
# perl Makefile.PL
# make
# make test (optional)
# make html (optional)
# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本，看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。
3. 安装GO-TermFinder。网址：http://search.cpan.org/。
4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址：http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。