方法:
1. 使用OBO-Edit来搜索GO二级水平term包含的terms,并生成相应的obo文件;
2. 使用编写的perl程序来提取obo文件中的内容。
过程:
1. 下载gene_ontology.1_2.obo文件。
下载网页:http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml
2. 安装OBO-Edit并运行。
在官网http://www.oboedit.org/上下载OBO-Edit并安装。 文章写的时间对应的版本是oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh (45.0 MB) # sh oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh 按提示进行安装。 $ rm oboedit_config -rf $ OBO-Edit 运行该程序需要java支持。
3. 使用gene_ontology.1_2.obo文件来search,得到二级水平的GO term的子terms。
1. File菜单下Load Ontologies,载入gene_ontology.1_2.obo文件; 2. File菜单下Save as,进入Write ontology画面; 3. 点击Advanced——点击Add——输入保存路径(biological adhesion为例)——打勾Filter terms——点击+号——Find terms that have a ID that equals the value GO:0022610 in Ancestor that can be reached via any tyep——点击OK 4. 等待一段时间,则会生成文件名为“biological ahension”的obo文件
4. 对每一个GO二级水平的term都进行这样的search和save,得到很多obo文件。使用perl程序make_go_class.pl来生成go.class文件。
$ perl make_go_class.pl * #其中*代表生成的所有的obo文件 该程序以‘>>'的方式写入到文件句柄中,注意不要重复命令。
5. 还有GO二级terms本身没有加入到go.class中去。按以上的search和save方式进行其obo文件的制作,不同的是将Ancestor换成Parent。得到的obo文件使用make_go_class.pl来成才go.class文件。该go.class文件是错误的,需要手动修改后再整合到总的go.class文件中去。
6. 最后生成了go.class文件为最新的文件了。但是使用http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=586中的方法做GO分类图的时候,依旧提示error的GO号,这些GO号都是废弃了的GO号。
7. go.class文件下载(2013.2.27)