BLAST本地化web运用

1 首先,到ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/LATEST/下载最新的版本的wwwblast(写此文时对应的文件为wwwblast-2.2.26-x64-linux.tar.gz)。

2 然后将该文件解压,不需要configure即可使用。设定所解压的文件夹到Apache路径。

将如下几行加入/etc/httpd/conf/httpd.conf中:

Alias /blast "/home/chenlianfu/programs/wwwblast"
<Directory "/home/chenlianfu/programs/wwwblast">
    Options ExecCGI
    AllowOverride None
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

3 wwwblast默认提供了2个test的数据库,分别为test_na_db和test_aa_db。

4 使用正常版的 makeblastdb 来创建数据库,并将数据库文件放入文件夹的db/路径下。

5. 修改 blast.html 文件。

<select name = "DATALIB">
    <option VALUE = “nt"> nt #nt是db/中所含有的数据库名。
</select>

6. 修改 blast.rc 配置文件。

NumCpuToUse     6	#CPU的使用个数,线程数。

blastn nt	#blastn程序所能使用的数据库名称。
tblastn nt	#下同...
tblastx nt 
blastp 
blastx

5 这样,在网页中就能正常使用nt数据库了。

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