使用linpack-xtreme-1.1.5软件测试CPU的浮点数计算性能

对服务器或电脑的计算性能进行时描述,一般使用FLOPS或MIPS为单位进行量化。MIPS表示每秒执行的百万级的机器语言指令数。CPU的主频越高,MIPS线性增加。由于不同时代的CPU主频可能一致,但执行指令的速度差异极大,因此MIPS无法衡量CPU实际的计算性能。FLOPS表示每秒的浮点数运算次数,能准备表述计算机的性能。

Linpack(Liner system package)是目前最流行的用于测试高性能计算机系统浮点性能的方法。它通过高斯消元法求解N元一次稠密线性代数方程组的测试,评价高性能计算机的浮点性能。

使用linpack-xtreme-1.1.5软件可以在Linux或Windows系统下测试CPU的FLOPS。在Linux系统中,解压缩linpack-xtreme-1.1.5软件后,使用其中的AuthenticAMD命令即可测试服务器的FLOPS。

直接运行AuthenticAMD,会使用全部的线程进行计算,其测试的结果会偏小。推荐使用1个线程运行单个AuthenticAMD命令,并行化运行与CPU核心数相同个数的AuthenticAMD命令,从而获得服务器整体的FLOPS性能。

于是编写程序test_FLOPS_by_linpack-xtreme.pl来并行化调用AuthenticAMD测试服务器的FLOPS性能。

使用linpack-xtreme-1.1.5软件对4颗E7-4890 V2 CPU (60核心120线程)的服务器进行测试,结果为:

CPU型号:Intel(R) Xeon(R) CPU E7-4890 v2 @ 2.80GHz

时间消耗:当使用60个CPU线程并行计算时,单个线程消耗的时间为 67.765 ~ 70.942, 68.279 (均值) / 68.245 68.279 (中位数)。
CPU性能:当使用60个CPU线程并行计算时,单个线程性能为 9.4002 ~ 9.8409, 9.767 (均值) / 9.7717 (中位数)。
CPU性能:当使用60个CPU线程并行计算时,所有线程总性能为 586.0235 GFlops。

时间消耗:当使用1个CPU线程并行计算时,单个线程消耗的时间为 29.587 ~ 29.587, 29.587 (均值) / 29.587 29.587 (中位数)。
CPU性能:当使用1个CPU线程并行计算时,单个线程性能为 22.5389 ~ 22.5389, 22.5389 (均值) / 22.5389 (中位数)。
CPU性能:当使用1个CPU线程并行计算时,所有线程总性能为 22.5389 GFlops。

时间消耗:当使用120个CPU线程并行计算时,单个线程消耗的时间为 189.257 ~ 278.805, 236.683 (均值) / 230.219 236.683 (中位数)。
CPU性能:当使用120个CPU线程并行计算时,单个线程性能为 2.3919 ~ 3.5236, 2.847 (均值) / 2.8967 (中位数)。
CPU性能:当使用120个CPU线程并行计算时,所有线程总性能为 341.6415 GFlops。

使用linpack-xtreme-1.1.5软件进行FLOPS计算的结果在一定程度上准确。在CPU最大核心数内进行测试时,使用的核心数越多,FLOPS结果越大,基本呈线性增加。此外,也在一定程度上不太准确。表现在:(1)服务器开启超线程,并行化数为CPU核心数的FLOPS值最大,而并行化为CPU线程数的FLOPS结果降低太多。(2)当使用单线程单任务进行测试时,FLOPS值非常高,是满负荷的两倍还多。我个人觉得单线程时CPU超频性能不会强这么多。(3)我使用8路服务器DL980G7(4颗E7-4870)进行测试时,其整体FLOPS值比4路服务器DL580G7(4颗E7-4870)的FLOPS值还低。这是很不正常的。所以,linpack-xtreme-1.1.5软件进行测试时,多物理CPU同时进行测试,会极大影响测试结果。linpack-xtreme-1.1.5软件可能仅适合单颗CPU的FLOPS计算。(4)在不同版本的CentOS系统下,或在相同系统相同型号而不同物理机器上测试结果差异较大。

最后,使用linpack-xtreme-1.1.5软件对一些服务器的FLOPS测试结果如下:

服务器型号         CPU型号数量        整体FLOPS           系统
惠普DL580G9       E7-8890 V3 * 4    1329.6549 GFlops    CentOS7
华为RH5885H V3    E7-4890 V2 * 4    1076.3384 GFlops    CentOS7
华为RH5885H V3    E7-4890 V2 * 4    814.6641 GFlops     CentOS7
华为RH5885H V3    E7-4890 V2 * 4    586.0235 GFlops     CentOS8
戴尔R910          E7-8870 * 4       346.8207 GFlops     CentOS8
惠普DL980G7       E7-4870 * 8       252.3831 GFlops     CentOS8
戴尔T620          E5-2620 * 2       198.8307 GFlops     CentOS7

从诺和致源云交付平台下载数据

诺和致源构建了自己的云交付平台,在Linux服务器中直接使用其公司提供的下载程序直接下载文件。

首先,下载并安装软件lnd

wget http://data-deliver.novogene.com/linuxnd.zip -P /media/software_packages/
unzip /media/software_packages/linuxnd.zip -d /opt/biosoft/
chmod 755 /opt/biosoft/linuxnd/lnd

根据邮件中的用户名、密码和文件路径下载数据

# 首先,使用用户名和密码登陆到云交付平台
/opt/biosoft/linuxnd/lnd login -u X101SC20110715-Z01-J002 -p fe3eg21z

# 列出根目录信息
/opt/biosoft/linuxnd/lnd list
/opt/biosoft/linuxnd/lnd list oss://CP2018091209442

# 下载文件夹
/opt/biosoft/linuxnd/lnd cp -d oss://CP2018091209442/H101SC20110715/RSCD0408/X101SC20110715-Z01/X101SC20110715-Z01-J002 ./

武汉带娃游玩长见识的地方

‌1. 武汉科学技术馆。

门票免费。

开馆时间: 周三至周日 9:00—16:30 。闭馆时间: 周一至周二(国家法定节假日期间另行通告)。

2. 湖北省博物馆

实行预约免费参观,进入其网上预约系统,填写姓名、身份证号码和联系人手机号进行预约。

开放时间:周二至周日09:00-17:00(16:00后停止入馆);周一闭馆(法定节假日除外)。

镇馆之宝:曾侯乙编钟、越王勾践剑、曾侯乙尊盘、云梦睡虎地秦简、虎座鸟架鼓、郧县人头骨化石。

3. 武汉博物馆

通过二维码关注“武汉博物馆”微信公众号,进入武汉博物馆微信公众号后,点击右下角“参观预约”,填写游客信息,预约后免费参观。

开馆时间:周二至周日09:00-17:00(16:00后停止入馆);周一闭馆(法定节假日除外)。

镇馆之宝:凤纹方罍(读作“léi”)、青花“四爱图”梅瓶、《江汉揽胜图》和“乾隆”款青玉双凤交颈壶。

4. 长江文明馆

免费参观。收费项目如下:体验厅《梦幻长江》、引进外单位文物的临时展览、展陈内容讲解、语音导览租用。

开馆时间:每周二至周日09:00-17:00(16:30后停止入馆);每周一闭馆。

5. 武汉市中山舰博物馆

通过官方微信公众号实名预约免费参观,未办理实体身份证儿童填写户口本上的身份证号码进行预约。已预约观众务必携带本人二代身份证,未携带证件谢绝入馆。一名成人限带一名1.4米以下已预约儿童,未办理实体身份证的儿童凭预约订单经工作人员核验,与家长一同入馆。

开放时间:周二至周日 09:00-17:00(16:00后停止入馆),周一闭馆(国家法定节假日除外)。

6. 武汉大禹文化博物馆

武汉大禹文化博物馆常年向观众免费开放。观众至大门口登记入场参观。

开放时间9:00-17:00(16:30停止入场),每周一闭馆,每周四15:00闭馆展厅维护(逢国家法定节假日全天开放),每年除夕闭馆一天。

7. 盘龙城遗址博物馆

关注盘龙城遗址博物院官方微信公众号, 在微信号下方点击“服务”栏,选择“预约服务”,按照提示预约即可。预约成功后,系统会生成预约二维码,游客到博物馆门口出示预约二维码即可参观。

开馆时间:周二至周日09:00-17:00(16:00后停止入馆);周一闭馆(法定节假日除外)。

8. 湖北警察史博物馆

湖北警察史博物馆的所有展览免费向公众开放。酗酒者、衣冠不整者以及无民事行为能力或限制民事行为能力者无监护人陪伴的,谢绝入馆。

开馆时间:周一到周五上午8:30-11:30;下午2:30-4:30(下午4点以后停止入馆)。除工作日外,节假日及双休日均需预约参观。

9. 武汉美术馆

武汉美术馆的展览及活动均免费向观众开放。

开馆时间:周二至周日09:00-17:00(16:00后停止入馆);周一闭馆(法定节假日除外)。

10. 中国地质大学逸夫博物馆

门票成人40元/人/次。

开馆时间:冬季(10月-4月) 上午8:00-12:00 下午14:00-17:00;夏季(5月-9月) 上午8:00-12:00 下午14:30-17:30;双休节假日 9:00-17:00。

11. 湖北经济学院博物馆钱币陈列馆

门票免费。可以添加微信公众号“湖北经济学院博物馆”。

开放时间周一、三、五14:00-16:20。

12. ‌中华360行雕塑博物馆

在武汉昙华林101号,有一家中华三百六十行雕塑博物馆,陈列着“中华三百六十行”大型群雕,生动复原了清末民初各行各业呈现的市井众象。这是一幢3层小楼,一楼是雕塑的主创团队三汉雕塑工作室,二、三楼则专门用来展览。

Windows系统中修改文件权限

我在windows系统中安装了cygwin软件,在C盘下生成了cygwin64文件夹。由于该文件夹的拥有者和权限问题,导致用Administrator无法删除该文件夹。此时,需要修改文件夹的拥有者和权限后,才能删除cygwin64文件夹。

1. 使用windows窗口界面修改权限

首先,修改拥有者权限:登录到Administrator用户,右击要删除的文件或文件夹——属性——安全——高级——更改(蓝色字体)——点击输入框”输入要选择的对象名称”——输入用户名”Administrator”——确定——确定。

只有修改了拥有者权限后,才能对新增加的拥有者设置读写权限:右击要删除的文件或文件夹——属性——安全——高级——添加——选择主题(蓝色字体)——点击输入框”输入要选择的对象名称”——输入用户名”Administrator”——确定——勾选完全控制——确定——确定——确定。

进行以上两步操作后,则可以删除目标文件夹下的所有文件。但是不能删除目标文件夹下的子文件夹。这点非常坑。由于cygwin64文件夹下有很多层目录,可能要对数千个文件夹进行上述操作,才能删除所有文件和文件夹,通过windows窗口界面基本不可能实现了。

2. 通过命令行修改权限

windows系统中按windows+x键,点击Windows PowerShell打开终端,进行文件或文件夹的权限操作。

2.1 删除文件的用户名或组。

在Windows系统中,用户名和组不能具有相同的名称。一个文件或文件夹可能属于很多不同的用户名或组。当文件所属的用户名和组过多时,容易冲突。为了系统稳定,推荐删除不认识的用户名或组,让文件仅属于当前用户名或Administrators。Windows系统安装后默认带有用户Administrator和用户组Administrators。

使用icacls.exe命令后接文件或文件夹路径,查看文件的拥有者信息。

icacls.exe C:\Users\chenlianfu\Documents\

使用icacls.exe命令的/remove参数删除不需要的文件拥有者用户名或组。

icacls.exe C:\Users\chenlianfu\Documents\ /remove "CREATOR GROUP" /T
    /remove  删除用户名或组,若用户名或组名称有空格,使用引号。
    /T       递归,将权限赋予子目录及其文件。

2.2 给文件添加用户名或组

使用takeown.exe命令给文件添加用户或用户组

takeown.exe /F C:\cygwin64\ /A /R /D Y
    /F <strint>  参数后接一个路径,用于对指定文件或文件夹进行拥有者权限设置。
    /A  将所有权给予管理员组,即Administrators。若不加该参数,则将权限给当前用户。
    /R  递归,将拥有者权限设置赋予子目录及其文件。
    /D <strint>  设置其值为Y后,表示使用/R进行递归时所有问询值都为Yes。 

2.3 给用户授予读写全写

使用icacls.exe命令授予权限。

icacls.exe C:\cygwin64\ /grant Administrator:F /T
    /grant <string>  授予指定用户相应的权限。其值格式为“用户ID:权限符号”,其中F表示所有权限。
    /T  递归,将权限赋予子目录及其文件。

3. 我的操作

我对我的数据文件夹进行了操作。首先,查看文件夹的权限信息,删除所有的用户和用户组。

icacls.exe .\ChenLianfu_Data\

icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "DESKTOP\chenlianfu" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "BUILTIN\Users" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "BUILTIN\Administrators" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "CREATOR OWNER" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "CREATOR GROUP" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "NULL SID" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "NT AUTHORITY\SYSTEM" /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /remove "NT AUTHORITY\Authenticated Users" /T

然后,给文件拥有者权限添加用户chenlianfu和用户组Administrators。

takeown.exe /F .\ChenLianfu_Data\ /A /R /D Y
takeown.exe /F .\ChenLianfu_Data\ /R /D Y

最后,授予用户chenlianfu和用户组Administrators所有权限。

icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /grant Administrators:F /T
icacls.exe .\ChenLianfu_Data\ /grant chenlianfu:F /T

icacls.exe .\ChenLianfu_Data\

查看目标文件的权限如下所示:

.\ChenLianfu_Data\ DESKTOP\chenlianfu:(F)
                   BUILTIN\Administrators:(F)

进行以上操作后,则可以正常删除目标文件夹了。

武汉新车上牌经历

2020年1月11日,星期一,这天我在湖北省武汉市给一辆品牌为理想one的新车上牌照,步骤如下。

首先,到位于湖北省武汉市洪山区旭东小路汪家墩小区的车辆购置税办税服务厅办理购置税纳税事宜。由于是属于新能源牌照汽车,免缴购置税。下午两点一刻左右,到该办税大厅后,到离门口约3m的机器上,在工作人员的帮助下,扫描车辆合格证,验证车辆车架号、发动机号和营业执照(我是以企业名义购车,若是个人的话,则是身份证信息)等信息。确认无误后,打印出电子版纳税证明(后续办理车牌时不需要出具该凭证,因为系统联网识别了)即完毕。整个过程办完约2分钟,花费0元。

第二步,到位于湖北省武汉市武昌区友谊大道与楚汉路交叉口附近的武汉市交管局车管所办理验车事宜。开车进入车管所后,沿指示到验车场地,此时约下午三点左右(从办税大厅到车管所虽然很近,但绕了不少路,欲找地方洗车花费了不少时间)。在进入场地前的通道处窗口出示购车发票、车辆合格证和营业执照领取验车单。然后排队等候约15分钟后(排队车辆不算多,前面约4辆车),到我的车进行验车手续。将理想one公司给的车架后拓印号贴到验车单上并交给验车员。验车员查验发动机舱的编号信息和前挡风玻璃上的编号信息;个人将三脚架装好放到车辆尾部正下方;验车员对车辆拍照。最后验车员检测合格后,在验车单上盖章并交给我。然后开车到车管所停车场。验车过程约3分钟。此外,由于没有洗车,车辆很脏也不影响正常验车,就是最后行驶证上的车辆照片明显看到很脏,有强迫症的还请注意提前洗车。

第三步,从正门进入车管所大厅并办理牌照。直接到靠门口的前台出示购车发票、车辆合格证、营业执照,前台会给排队号码纸条。按照号码找到对应的窗口进行上牌(这次是下午三点半左右人少没有排队),提交车辆合格证、购车发票、营业执照、电子保单打印件和办理人身份证。由于是公司购车,需要填写一份办理人委托书并盖公章。然后缴纳60元上牌费(支付宝、微信或银行卡都可以缴纳)。办理结束后,得到一张有条形码的A4打印纸,用于到机器上扫码选号。有3~5台选号机,也没有排队,直接开始选好。点击开始选号后,给随机50个号码,必须在180秒内选号完毕。注意没有第二次选号机会。

第四步,选号完毕去二楼领取车辆行驶证并办理邮寄车牌服务。需要在车管所二楼大屏幕前等待,当看到提示领取车辆行驶证时,到对应窗口领取行驶证和临时牌照。然后到旁边的台柱上扫码办理车牌邮寄。缴纳20元邮寄费即可邮寄到本市。至此,到下午四点一刻左右,办理车辆牌照结束。

其它办牌经验:大部分人觉得办牌照比较麻烦,会考虑额外花一些前找4S店人员搞定,这样会节约时间。若是当天买车,当天能这样办好是最好的。我当时交车时已经到下午三点半了,再介绍个车辆并在理想one交付中心直接缴纳保险后都过四点了。然后理想one公司送了临时牌照,到办理临牌地点都已经四点半了。该办牌地点虽然能400元全套办牌搞定,但是验车员提前下班走了,当天就没法办正式牌照。后来有一天过去,排队人太多,也没办成。但不管怎么样,去办牌,都得开车到某地点,花时间验车上牌。预计自行到车管所上牌和到专门地点一套全部快速搞定,花费的时间其实差不多的。因为该专门地点就是多了个车辆购置税交税功能而已,而该步骤其实是很快的,才花费3分钟而已。自行上牌好处是只花费80元,省了至少320元,但需要花精力自行找办税地点和车管所地点。

SGE集群队列状态并清除队列错误状态

SGE集群可能出现独列错误状态。此时,使用命令 qstat -f 检测集群队列队列状态。最后一列stats若为空,则表示队列状态正常,可以用于任务提交。其它状态解释如下:

a: 负载超限了,开启警报alarm。
A: 超限暂替,开启警报Alarm。
E: 队列有错误,不能提供任务提交服务了。
au:主机和SGE系统连接中断,此时负载状态为-NA-。需要重启相应服务器的sgeexecd命令。

当出现状态 E 时,则需要使用root用户在对应的主机中重启sge计算服务:

/opt/sysoft/sge/default/common/sgeexecd restart

然后,清除队列中的错误信息:

qmod -c all.q

服务器远程强制连接并重启

在服务器使用过程中,我遇到这样一种情况:服务器将网络上的文件系统挂载到了 /home 目录;当系统出现问题导致 /home 没有响应时,导致了 /home 目录下的普通用户无法登陆。

解决方法我于是使用了备用的不在 /home 目录下的其它普通用户登陆。此时则可以登陆到服务器中了。此时,可能遇到一种情况,能登陆到服务器,但是不会返还命令提示符。这可能依然是 /home 目录没有响应,而很多依赖该分区下数据运行的程序异常运行导致的。此时,按如下方式可以登陆到服务器中:

ssh -t chenlianfu@xx.xx.xx.xx "cd /; bash"

由于挂载的 /home 分区没有响应。此时,使用正常的重启命令,极可能关机失败,从而无法再次连接服务器。因为依赖 /home 分区数据运行的程序无法强行杀死导致系统无法关机。则需要直接通过硬件关机再开机。若无法直接接触服务器,则使用IPMI方法实现硬件上的强制关机或重启:

# 加载 ipmi 驱动,确认服务器支持IPMI
sudo modprobe ipmi_msghandler ipmi_devintf ipmi_si
sudo ls -l /dev/ipmi*

# 数显按照 ipmitool 软件
sudo yum reinstall ipmitool
# 需要值得注意的是:在CentOS系统上,重启系统后ipmitool命令失效了。每次重启系统后,需要重新安装ipmitool才能正常使用。

# 再使用 ipmitool 命令实现应硬件上强制重启
sudo ipmitool power reset

EndNote使用要点

1. EndNote软件安装

我当前先安装Microsoft office软件,然后安装了EndNote X9.3.1汉化破解版。该EndNote版本默认带的序列号3091998661在2024年过期了,需要Endnote进行更换。操作方法:先打开endNote软件,会自动弹出激活界面,或点击“帮助”——“激活Endnote”——随便输入单位或个人信息,再输入如下序列号77S3T-KVGA8-NK3HK-68R3A-RW3QR,提交后即可激活。

此外,在系统联网状态下,打开EndNote软件时可能会闪退。其原因是程序启动时会自动联通download.endnote.com网址,可能识别出盗版软件而退出。可以通过不联网、禁止EndNote程序联网或将域名指向不能识别的ip地址等方法解决。

禁止EndNote程序联网,方法如下:

首先,键盘输入Windows+q打开搜索,输入“高级安全”,点击“高级安全 Windows Defender 防火墙”,弹出窗口设置界面。然后,左侧栏目点击“出站规则”,右侧“操作”栏中点击“新建规则”,在弹出的窗口依次选择“程序”→“下一步”→“此程序路径”→“浏览”→选择EndNote安装目录下的“EndNote.exe”→“打开”→“下一步”→“阻止连接”→“下一步”→域、专用、公用全部勾选→“下一步”→名称随意填写(例如“EndNote禁止联网”),描述可不填→“完成”。

修改hosts文件,改变域名指向,方法如下:

按Win+e,打开Windows资源管理器,在地址栏输入C:\Windows\System32\drivers\etc,再将该文件夹中的hosts文件拖入打开的记事本窗口中,对其内容进行编辑,添加如下内容“10.0.0.1 download.endnote.com”,再保存即可。

2. 导出文献

有时候,我们需要将目标文献信息导出成文本文件。先用鼠标选中一篇文献,然后点击“文件”——“导出”——导出样式中选中一个目标样式——“保存”,即可导出成需要的格式结果。一般情况下RIS是通用的文献格式,在导出样式中选择其它样式,搜索ris即可找到RefMan (RIS) Export格式。RIS格式的文件内容依然是文本文件,可以手动将输出的文件后缀修改为ris即可。

3. 使用Endnote分别对每一章节插入文献

默认情况下Endnote是将文献插入到文章最后面的。若需要将文献插入到各个章节后面,则在Endnote中设置,例如:点击“Edit”——“Output Styles”——“Edit BMC genomics”——“Sections”——选中“Create a bibliography for each section”——退出保存该格式为另外一个名字,然后使用这个保存的格式。而Word文档中则使用分节符对每章内容进行分割。

Linux系统删除find找到的文件或文件夹

当我运行得到结果文件后,需要删除当前目录下许多的中间文件夹:

find ./ -maxdepth 1 -type d -regex "./\w.*" -exec rm -rf {} +

各参数意义如下:
./ 是被搜索的文件夹
-maxdepth 1 表示仅搜索第一层目录
-type d 表示仅搜索文件夹类型数据,注意该参数要放-maxdepth参数后面,否则程序会有警告信息。
-regex "./\w.*" 使用正则表达式方式搜索数据,该正则表达式不会搜索当前目录下名称为 . 的目录,以防把当前目录直接删除
-exec rm -rf {} + 用于对搜索到的文件执行相应的操作,其中{}表示搜索到的文件路径。{}后面可以接空格加号或空格反斜线分号。

将当前目录下所有权限为600的普通文件变为644,

find ./ -type f -perm 600 -exec chmod 644 {} +

将当前目录下所有权限为700的文件夹变成755:

find ./ -type d -perm 700 -exec chmod 755 {} +

ssh登陆到服务器后自动切换到指定目录

我有多台服务器,每台服务器都将其存储挂载到了/disks/目录下并通过万兆网共享给所有局域网其它服务器。此时,我需要当切换到其它服务器时,一步到位自动切换到其存储目录下。此时,我按如下操作执行ssh命令即可。

ssh -t node2 "cd /disks/node2_16TB/chenlianfu; bash"

# ssh登陆node2服务器时,执行cd命令并使用bash命令登陆当前用户。若不加-t参数,ssh则时登陆到目标服务器后,执行相应命令后返回到当前主机。添加-t参数则表示强制分配虚拟终端,有利于远程服务器上一些依赖屏幕软件(例如less和bash命令)的运行。

# 想了解-t参数的意义,可以比较以下两个命令的差异。
ssh -t node2 "less /proc/cpuinfo"
ssh node2 "less /proc/cpuinfo"
# 只有添加了-t参数,才能真正让less命令使用屏幕,否则,不会为less命令分配虚拟终端而不能正常运行。