参考：http://www.linuxidc.com/Linux/2009-05/20108.htm
1. 下载并安装libmcrypt-2.5.8.tar.gz，mhash-0.9.9.tar.gz，mcrypt-2.6.8.tar.gz
2. 安装php-devel，只有安装了php-devel后才会有命令phpize。
3. 下载相应的php版本的源码包，并解压缩后进入源码包的ext/mcrypt目录，执行：
# phpize # ./configure && make && make install # echo 'extension=extname.so' >> /etc/php.ini
捣鼓了好久才搞定。
当前，CentOS6默认安装的php是5.3版本，使用默认源更新着会将php更新到5.5版本；CentOS5默认安装的php是5.1.6版本，使用默认源则不会更新。而当要使用最新的wordpress时候，需要的php最低版本是5.2.4；而要使用很多电子商务网站的php源码的时候，需要的php版本则要低于5.3版本，同时需要安装ZendOptimizer。
为此，于是重新安装额CentOS5.9的系统，然后通过系统盘创建了本地源，并使用本地源更新了php和mysql的其它模块。
# alias yumlocal='yum --disablerepo=\* --enablerepo=c5-media' # yum install php* *mysql* --skip-broken
只有更新php和mysql的其它模块，电子商务等php源码才能正常挂到网上。
参考该博客的一篇文章：http://www.webtatic.com/packages/php53/，提供了一个源用于更新php到5.2。
# rpm -Uvh http://mirror.webtatic.com/yum/centos/5/latest.rpm # echo 'xclude=php*5.3*' >> /etc/yum.conf # yum --enablerepo=webtatic install php # yum --enablerepo=webtatic update php # yum --enablerepo=webtatic install php php-xml php-ldap php-devel php-common php-gd php-mysql php-cli php-mbstring php-dba php-bcmath php-pear
以上第1条命令添加源；第2条修改yum配置文件，设置php不要更新到5.3；第3条安装php；第4条更新php及相关模块。
现在的很多网站需要ZendOptimizer来进行网站加速加密。但是ZendOptimizer仅运用php5.3版本以下。当然ZendOptimizer有相应的升级版本Zend Guard Loader，支持php5.3及以上版本。但是很多网站的运行在Zend Guard Loader和php5.3及以上版本中无法运行。因此，需要安装ZendOptimizer。
使用搜索引擎搜索“ZendOptimizer3.3.9 linux x86_64”来下载ZendOptimizer3.3.9版本，然后进行安装：
# tar zxf ZendOptimizer-3.3.9-linux-glibc23-x86_64.tar.gz # cp ZendOptimizer-3.3.9-linux-glibc23-x86_64/data/5_2_x_comp/ZendOptimizer.so /usr/lib64 # echo 'zend_extension=/usr/lib64/ZendOptimizer.so' >> /etc/php.ini # /etc/init.d/httpd restart
在今年4月份的时候就萌生了一个想法，想将自己学到的一些生物信息学知识分享给它人，同时也赚点生活费。后来偶然在一个生物信息的群里面，有人说很想在暑期去上生物信息学班，学习到实用的知识；同时又抱怨华大等举办的生物信息学培训班不仅学费贵，同时也学不到自己动手的东西。于是我就写到考虑在暑期办一个培训班。于是当时一冲动，就在华中农业大学的南湖论坛上发了一个帖子，说想要开一个生物信息学的班。后来很多人回复并感兴趣，于是这成了我举办生物信息学培训班的最大动力。后来在一些回复的要求下建立了一个qq群，于是将培训班的事业拉倒正轨上。
开班培训班，则必须要有培训资料，于是就开始整理培训资料。其实这些培训资料很多都是取自我零零散散写到我的blog上的内容。在今年暑假7.14-7.24日，我参加了复旦大学举办的一个进化分析的培训班。那个时候白天上课，晚上就在宾馆写培训资料，同时准备上课的数据。培训资料和数据的准备绝大部分是在那个时候完成的，当然，由于比较匆忙，在最后一章的内容就写得粗糙了，同时培训资料中还有很多的错别字等。
通过qq群的通知，培训时间确定在7.27日下午3点进行一个试讲，讲述培训的大纲；而从7.28日开始正式的讲课。
这次的生物信息培训主要是NGS数据的分析，是现在比较成熟又热门的知识。讲解了基因组的组装、基因预测、SNP分析、转录组分析、基因功能注释等，还包含了网站搭建，mysql使用和perl编程等。全程课程主要偏重实践运用于上机操作，而原理方面则不会深究。
本次培训的大纲如下：
1.CentOS 6.4 x86_64的安装 2.Linux系统入门 3.Next Generation Sequencing Techonology 4.基因组组装 5.Genom Repeat Sequence Prediction 6.短序列比对 7.Perl入门 8.Variants calling 9.转录组分析 10.基因预测 11.基因组浏览器Gbrowse 12.基因功能注释与富集分析
培训讲义资料有151面，内容还是很丰富的。
在7.27日下午3点开始培训前试讲，当时天气很热，空调刚开，但是大出我的预料，来了很多人，将会议室都挤满了。现场报名，报名费相对便宜，500元。由于场地不够大，于是随机抽取了部分有意向的人报名，最后总共报名人数27人。当然，有一个高级博后从上海专程到这儿来听课的，像这样的需要优先考虑。报名时，当时收钱的感觉还是很爽的，嘿嘿…这算是我人生的第一桶金，但是紧接而来则是要多学员负责，要教给他们有用的知识了。
培训，准确说是集训，从7.28日开始，每天早上9:00-12:00，下午2:00-5:00，晚上7:00-9:00上课。这样总共持续了10天，其中包含放假了一天。刚开始两天，早中晚都讲课，后来晚上就专门用来练习，手把手答疑了。最后一天，人人都很累，同时培训资料最后一章也写得比较简略，数据也准备的不是很充分，于是结束课程也算比较匆忙。想起来，当初我做刚生物信息学，就是从最后一章基因功能注释的内容开始的，对这一章的内容，其实了解得非常深入。
最后，所有的学员在实验室门前合了一张影，作为留恋：
通过这次培训，我认识了一些人，很多人给我留下了深刻的印象。比如：从上海特异过来的高级博后，本身对NGS分析很感兴趣，学得很快；基因楼的爱学习，喜欢辩论的小伙子；在测序公司工作几年后回来继续读书的，问题很多的同学；还有刚发表了Nature techonology马上去瑞士读博士的牛人；在空调口吹风又很活跃的一群人；也有喜欢钻研的女生等。
培训课上也有一些同学退学，也有一些同学加入，也有人苦苦支撑到最后。
作为老师，我也学到了很多上课经验。在培训课上，上课是讲一会儿，上机一会儿，造成了课间休息不规律；上课节奏要慢，吐词要清晰等。当然，对培训课程进度的把握，现在有了经验。原本准备在3~5天内讲完，但是在很快的节奏下也需要了9天的时间。
本次培训，通过手把手教导怎么进行NGS分析与上级操作，学员们最后能独自自主进行高质量的：基因组组装，SNP和INDEL检测，基因预测及其可视化，转录组分析，基因功能注释等。
培训资料最后只是发放了纸质版的，电子版的由于版权等问题暂时保留在我手上。以后要是有时间，我考虑要出一本NGS分析的生物信息学书籍。
培训班在8.6日结束，随后8.13-8.25参加了在哈尔滨医科大学举办的生物信息学培训。于是原本预算的第二届生物信息学培训班就没有举办了。这个时候群里面的王志文在群里面打了下广告，貌似在洪山体育馆那儿举办了一期生物信息学培训班。
慢慢筹备我的下一次的培训吧，估计内容会更加丰富…
PHP 5.3 下，Zend Optimizer 已经被全新的 Zend Guard Loader 取代。
1. 下载对应版本的 Zend Guard Loader 压缩包，使用”php –version”参看php版本，然后下载对应php版本和系统32位或64位版本的安装包。（http://www.zend.com/en/products/guard/downloads）
2. 解压缩得到ZendGuardLoader.so（Linux）或 ZendLoader.dll（Windows）。将之复制到指定的系统路径下，比如 /usr/lib64/
3. 修改 /etc/php.ini 文件，在首行以下加入如下几行：
; Add the following line to your php.ini file for loading the ZendGuardLoader: zend_extension=/usr/lib64/ZendGuardLoader.so ; Add an aditional line to your php.ini for enabling ZendGuardLoader ; Enables loading encoded scripts. The default value is On zend_loader.enable=1 ; Disable license checks (for performance reasons) zend_loader.disable_licensing=0 ; The Obfuscation level supported by Zend Guard Loader. The levels are detailed in the official Zend Guard Documentation. 0 - no obfuscation is enabled zend_loader.obfuscation_level_support=3
4. 重启web服务，使用“php -v”查看安装情况。