1. WIG格式介绍
WIG格式(Wiggle Track Format)，可用于将转录组数据进行可视化展示。bigWig格式则是WIG格式的二进制方式，可以使用wigToBigWig将WIG格式转换成BigWig格式。
一个 WIG 格式实例文件：
track type=wiggle_0 name="sampleA1" description="RNA-Seq read counts of species A" variableStep chrom=chr01 span=10 10001 13 10011 15 10021 12 fixedStep chrom=chr01 start=100031 step=10 span=10 17 15 20
如上例子，有2个注意点：
1. 第一行必须如理示例中格式。只有name和description这两个参数的值可以随意填写。
2. 有两种方法进行数据描述。分别是variableStep和fixedStep。前者数据内容用2行表示，后者数据部分仅用1行表示。
3. 这两种方法的几个参素意义为：
chrom 设置序列名
start fixStep中Locus的起始位置
step fixStep中Locus的步进
span 一个数据对应碱基数目
2. 将Bam文件转换成WIG文件并进行压缩
使用bam2wig命令将bam文件转换成wig文件。bam2wig命令可以来自于Augustus软件。
$ bam2wig sampleA1.tophat.bam > sampleA1.wig
该wig文件的span参数值为1。因此，当基因组越大，则wig文件越大。可以考虑设置span的值为10，能有效减小wig文件的大小。例如编写如些perl程序进行压缩wig文件。
#!/usr/bin/perl
use strict;
my $usage = <<USAGE;
Usage:
perl $0 RNA-Seq.wig > RNA-Seq.cutdown.wig
USAGE
if (@ARGV==0){die $usage}
open IN, $ARGV[0] or die $!;
$_ = <>;
print;
my $locus = 1;
my $count = 0;
while () {
if (m/^variableStep/) {
$count = int(($count + 0.5) / 10);
print "$locus\t$count\n" if $count > 0;
s/$/ span=10/;
print;
$locus = 1;
}
else {
if (m/(\d+)\s+(\d+)/) {
my ($num1, $num2) = ($1, $2);
if ($num1 >= $locus + 10) {
$count = int(($count + 0.5) / 10);
print "$locus $count\n" if $count > 0;
$locus = $num1;
$count = 0;
}
$count += $num2;
}
}
}
3. 将wig文件转换成wig binary文件和一个gff3文件
使用Gbrowse2所带命令 wiggle2gff3.pl 将wig文件转换成wig binary文件和一个gff3文件。每个基因组序列得到一个二进制格式的wig文件。同时生成一个gff3文件。该gff3文件指向所有的wig binary文件。
$ mkdir $PWD/gbrowse_track_of_RNA_seq $ wiggle2gff3.pl --source=sampleA1 --method=RNA_Seq --path=$PWD/gbrowse_track_of_RNA_seq --trackname=track_A1 sampleA1.wig > sampleA1.gff3
4. 导入gff3文件到数据库，并配置Gbrowse配置文件
导入gff3文件
$ bp_seqfeature_load.pl -a DBI::mysql -d gbrowse2_species -u train -p 123456 sampleA1.gff3
配置文件：
[RNA_Seq_sampleA1_xyplot] feature = RNA_Seq:sampleA1 glyph = wiggle_xyplot graph_type = boxes height = 50 scale = right description = 1 category = RNA-Seq:sampleA1 key = Transcriptional Profile [RNA_Seq_sampleA1_density] feature = RNA_Seq:sampleA1 glyph = wiggle_density height = 30 bgcolor = blue description = 1 category = RNA-Seq:sampleA1 key = Transcriptional Profile