LSU rDNA，large subunit rDNA，核糖体大亚基脱氧核糖核酸。LSU rDNA序列能转录出LSU rRNA（核糖体大亚基核糖核酸）。LSU rRNA和SSU rRNA是核糖体的主要组成成分。LSU rDNA序列长度：真核生物在Rfam数据库编号为RF02543，长度3401 bp；细菌在Rfam数据库编号RF02541，长度2925 bp；古菌在Rfam数据库编号RF02540，长度2990 bp。使用Infernal软件将DNA序列和Rfam数据库中的LSU rRNA家族cm模型进行比较进行鉴定。

SSU rDNA，small subunit rDNA，核糖体小亚基脱氧核糖核酸。SSU rDNA序列能转录出SSU rRNA（核糖体小亚基核糖核酸）。LSU rRNA和SSU rRNA是核糖体的主要组成成分。SSU rDNA序列长度：真核生物在Rfam数据库编号为RF01960，长度1851 bp；细菌在Rfam数据库编号RF00177，长度1533 bp；古菌在Rfam数据库编号RF01959，长度1477 bp。使用Infernal软件将DNA序列和Rfam数据库中的LSU rRNA家族cm模型进行比较进行鉴定。yi

ITS region，internal transcribed spacer region，内转录间隔区。rDNA序列能转录出的前体RNA（pre-RNA，precursor RNA）包含LSU rRNA和SSU rRNA，以及两者之间的5s或5.8s rRNA。在该前体RNA序列上不同rRNAs的内部并将rRNAs隔离开的转录区域，即为内转录间隔区。它一般包含两个区域ITS1和ITS2。前者指SSU往5s或5.8s之间的区域，后者指5s或5.8s往LSU之间的区域。SSU和LSU rDNA序列位于基因组上，中间隔着5s或5.8s rDNA序列。它们一起作为一个重复单元，在基因组上串联重复许多次。若转录起始位点位于以上重复单元上游某区域，则相应的外转录间隔区则是LSU和SSU之间的一段序列，位于前体RNA两端不属于rRNA的序列；若转录的对象不是一个重复单元，而是整个重复序列全部，则LSU和SSU之间的序列也应该是内转录组间隔区，或者称为ITS3区域。在真和生物中，SSU 的沉降系数是18s，LSU是28s；在原核生物中SSU是16s，LSU是26s。在原核生物中仅存在5s rRNA；在真核生物基因组中一般同时有5s和5.8s rRNA。在真核生物中，rDNA重复单元中一般仅有5.8s，但有些物种也包含5s。由于LSU和SSU rDNA序列非常保守，可能无法用于物种的区分。此时，采用进化速度约高10倍的ITS序列进行鉴定是更加有效的。若需要检测基因组上的ITS序列，则需要先使用Infernal软件基于Rfam数据鉴定出LSU、SSU、5s和5.8s rDNA序列后，在分析ITS1和ITS2序列。

RPB2，RNA polymerase beta(II) subunit 2，RNA聚合酶II第二亚基。RNA聚合酶II用于DNA介导下合成mRNA，在遗传信息的转录中发挥重要作用。它由12个亚基构成，其中最大的亚基是RPB1，第二大的亚基是RPB2。RPB1基因通常在大部分物种中是多拷贝的，而RPB2基因则是单拷贝的。故RPB2基因比RPB1更适合于物种的分类和鉴定。该蛋白序列比较大，有约1200 aa，可使用Pfam数据库进行鉴定，要求其蛋白序列同时具有7个结构域（PF04563、PF04561、PF04565、PF04566、PF04567、PF00562、PF04560），才能鉴定其为RPB2蛋白。因为RNA聚合酶I、II和III第二大亚基的蛋白序列是非常相似的，整个基因组中可能有2~3个基因的蛋白序列都能鉴定到这7个结构域，此时选择其中最优的基因（对7个结构域的覆盖率高达98~100%）作为RPB2基因。

TUBB，tubulin beta chain，β-tubulin。β-tubulin是微管蛋白三种亚基之一，细胞骨架中的重要组成成分。细胞骨架是细胞内的一种支持结构，它包括微管、微丝和中间丝等结构，起到维持细胞形态、细胞运动以及细胞内物质运输的重要作用。微管蛋白是由α-、β-微管蛋白分子聚合而成的异二聚体，α-和β-两种亚基分别与GTP和GDP结合。β-微管蛋白是微管的动态单位，其组装后即在 β-微管蛋白处发生 GTP 水解。将蛋白序列和Swiss-Prot数据库进行比对，其结果应该是“Tubulin beta chain”。不推荐使用Pfam数据库对β-tubulin蛋白进行鉴定，因为alpha、beta和gamma三种类型的tubulin chains都具有PF00091（Tubulin/FtsZ family, GTPase domain）和PF03953（Tubulin C-terminal domain）结构域。β-tubulin基因一般是多拷贝基因。

EF-Tu，EF-1A，EF-1alpha，elongation factor Tu，延伸因子Tu。EF-Tu在蛋白质合成过程中的作用是确保正确的氨酰-tRNA选择，并促进蛋白质链的延长。它能够与氨酰-tRNA形成一个稳定的复合物，将其带到核糖体A位上，使氨酰-tRNA与mRNA上的密码子完全配对。然后，核糖体通过水解三磷酸腺苷（GTP）来释放EF-Tu，并继续蛋白质的合成。EF-Tu包含3个结构域PF00009（Elongation factor Tu GTP binding domain）、PF03144（Elongation factor Tu domain 2） 和PF03143（Elongation factor Tu C-terminal domain）。可使用Pfam数据库进行分析，要求其蛋白序列同时具有以上3个结构域，则鉴定为EF-Tu基因。EF-Tu基因一般是多拷贝的。

基于工作上有多个办公地点和办公电脑，我考虑使用百度网盘将各个电脑中的D盘进行同步。

百度网盘有一个同步功能，可以设置同步路径，但是其路径最后的文件夹名称一定为BaiduSyncdisk且不能进行人为修改。于是为了实现对整个D盘的备份，我将D盘软链接到C盘且使其软链接名称为 BaiduSyncdisk 即可。具体操作方法为：按win + q，输入cmd，右击使用管理员运行命令提示符，然后输入如下命令：

mklink /D "C:\BaiduSyncdisk" "D:\"

然后再于百度网盘中设置同步路径为C:\盘即可。

我在2023年12月收到武汉网警的短信通知，要求对网站旅行公安备案。短信信息：“【武汉网警】依据《计算机国际互联网安全保护管理办法》之规定，您开办的网站需履行公安备案，请搜索访问全国互联网安全管理服务平台提交备案”。我的备案流程记录如下：

1. 进行网站的ICP备案。

我很早前就通过Aliyun进行了网站的备案。相关信息：（1）网站名称是“宠辱不惊一心问学”；（2）域名是“www.chenlianfu.com”；（3）备案号是“鄂ICP备15010551号”。

进行公安备案需要填写工信部备案号，即ICP备案号。

2. 准备域名证书

我是在Aliyun万网上购买的域名，其提供了域名证书的下载：先打开www.aliyun.com网站并登录，点击右上角的控制台，点击我的导航栏目下的域名，继续点击域名列表，点击目标域名后面的管理，最后点击左侧的域名证书下载，右侧则出现对用的图片，可以截图或点击图片底部的下载。

3. 下载并安装公安一网通办APP

在手机上下载并安装公安一网通办APP ，并注册用户。

4. 在全国互联网安全管理服务平台上旅行公安备案

打开全国互联网安全管理服务平台官网https://beian.mps.gov.cn/web/dashboard/home，首先申请新增主体，需要上传身份证正反面和手持共3张照片；然后，做新办网站申请，需要工信部备案号、域名证书、域名名称IP有效期信息，在网络接入服务商和域名注册服务商栏目进行查询搜索阿里云即可。

1. 打印出的纸张皱褶，整条黑色线条

打印机使用约3年后，打印出的纸张全都皱褶，且有黑色长线条。后来发现，是由于加热组件中的定影上辊黑色塑料表皮破损导致的。当纸张通过滚动的加热辊时，在破损位置不能很好压紧纸张，导致纸张皱褶且有长线条。我于是更换了单个定影上辊，淘宝购买花费了38元。需要注意的是，维修难道稍微有点大。若是不小心搞坏了整个加热组件，也没关系，购买全套加热组件，也就280元，这个安装就非常简单。

2. 报错Dump stop，需要对所有四种颜色硒鼓进行更换

需要对硒鼓进行清零。打开上盖，然后同时按住GO和上建，屏幕上提示Drum unit，再按OK键选择四种不同颜色的硒鼓进行重置即可。

3. 提示墨粉用完

将粉盒右侧的齿轮重新进行归位。

在内网的服务器性能强大，能搭建一个功能齐全的网站。但是内网服务器一般没有公网IP，或被单位屏蔽了对外访问的端口，从而不能直接被外网访问。于是通过以最低价格购买性能最差的Aliyun服务器后，它具有公网IP，可以用于将内网服务器的网站中转，用于所有人访问。

1. 在Aliyun上购买服务器和域名

在Aliyun上购买最低性能的共享性服务器，即可用于中转内网的网站信息。进行数据流的中转时，服务器几乎没有消耗CPU计算的，其价格可以做到很低。

朋友在Aliyun的万网上购买了一个域名，yue-zheng.com，将该域名指向了购买的服务器IP地址，用于做网站。

2. Aliyun服务器上设置域名对应本机的8001端口信息

首先，购买Aliyun服务器时选择Rocky 9.2 Linux系统。登录系统后，安装http网页软件。

dnf install -y http*

修改网页设置的配置文件/etc/httpd//conf/httpd.conf，尾部增加以下内容，表示将Aliyun服务上8001端口的信息转发到80端口上，用于提供对外的 www.yue-zheng.com 域名上的网页信息。

<VirtualHost *:80>
    ProxyPreserveHost On
    ServerName www.yue-zheng.com
    ProxyPass / http://127.0.0.1:8001/
    ProxyPassReverse / htt://127.0.0.1:8001/
</VirtualHost>

开启防火墙服务，开启网页服务，设置两个服务开机自动启动，开放80端口。

systemctl start firewalld.service
systemctl start httpd.service

firewall-cmd --add-port=80/tcp --permanent
systemctl restart firewalld.service


systemctl enable firewalld.service
systemctl enable httpd.service

3. 内网服务器搭建网站并通过ssh反向隧道将其8001端口连接到Aliyun的8001端口

首先，在内网服务器进行网站配置，在/etc/httpd//conf/httpd.conf文件尾部增加内容如下，表示将 /home/zhengyue/wordpress文件夹下的网站信息通过内网服务器的8001端口输出。

Listen 8001
<VirtualHost *:8001>
    DocumentRoot /home/zhengyue/wordpress
    ServerName www.yue-zheng.com
</VirtualHost>

同样配置内网服务器的httpd、防火墙服务和80端口开放。

systemctl restart firewalld.service
systemctl restart httpd.service

firewall-cmd --add-port=80/tcp --permanent
systemctl restart firewalld.service

systemctl enable firewalld.service
systemctl enable httpd.service

然后，配置内网服务器无密码登录到Aliyun服务器，并设置ssh反向隧道。将内网服务器的8001端口信息转发给Aliyun服务器的8001端口。

ssh-keygen -t rsa -P '' -f ~/.ssh/id_rsa
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub zhengyue@yue-zheng.com

ssh -o PreferredAuthentications=publickey -o StrictHostKeyChecking=no -o ConnectTimeout=10 -f -N -R 8001:localhost:8001 zhengyue@yue-zheng.com

最后，将Wordpress博客网站搭建到内网服务器的 /home/zhengyue/wordpress 目录中。

cd /home/zhengyue
wget https://cn.wordpress.org/latest-zh_CN.tar.gz
tar zxf latest-zh_CN.tar.gz && rm latest-zh_CN.tar.gz

sudo dnf install php php-devel php-fpm php-json
systemctl restart php-fpm.service
systemctl enable php-fpm.service

usermod -aG zhengyue apache
chmod 750 /home/zhengyue
systemctl restart httpd.service
chmod 775 /home/zhengyue/wordpress

输入www.yue-zheng.com来访问网站，并进行wordpress配置。

最近github需要双重身份验证才能登录并上传代码。操作流程如下：

首先，登录GitHub后，打开Settings，点击左侧Password and authentication，设置Two-factor authentication为enabled。会弹出一个界面，上面有个二维码。

然后，在google浏览器中安装插件“身份验证器”，使用该插件给二维码截图，再点击插件，即可返回一串数字，填入网页中，即可完成验证。

目前，最新版本的SGE版本是8.1.9版本，其软件较旧，在Rocky 9.2 Linux系统上使用其高版本的GCC进行编译基本不会成功。于是采用特别提供repo源进行安装，即采用某些高人已经编译好的rpm软件进行安装。

1. 设置各节点的主机名

部署SGE前，需要设置好各个节点的主机名，需要修改3个文件。以设置node1主机为例：

echo 'NETWORKING=yes
HOSTNAME=node1' > /etc/sysconfig/network
echo 'node1' > /proc/sys/kernel/hostname
echo 'node1' > /etc/hostname

然后在各节点上设置主机名和其IP映射信息：

echo '10.0.0.1 node1
10.0.0.2 node2
10.0.0.3 node3
10.0.0.4 node4
10.0.0.5 node5
10.0.0.6 node6
10.0.0.7 node7
10.0.0.8 node8' > /etc/hosts

2. 在管理节点上安装SGE软件

首先，开放防火墙端口。

sudo firewall-cmd --add-port=992/udp --permanent
sudo firewall-cmd --add-port=6444/tcp --permanent
sudo firewall-cmd --add-port=6445/tcp --permanent
sudo systemctl restart firewalld.service

然后，安装SGE软件可能依赖的一些系统软件。

sudo dnf -y install csh java-1.8.0-openjdk java-1.8.0-openjdk-devel gcc ant automake hwloc-devel openssl-devel libdb-devel pam-devel libXt-devel motif-devel ncurses-libs ncurses-devel ant-junit junit javacc libdb-utils jemalloc munge-libs

继续，正式安装SGE软件，采用loveshack编译的SGE。

sudo wget https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/loveshack/SGE/repo/epel-9/loveshack-SGE-epel-9.repo -P /etc/yum.repos.d
sudo dnf -y install gridengine gridengine-devel gridengine-execd gridengine-drmaa4ruby gridengine-qmon
# 需要强制安装gridengine-qmaster，正常安装保存血少libdb4，而Rocky9默认安装libdb5。
sudo dnf -y download gridengine-qmaster
sudo rpm -ivh --nodeps gridengine-qmaster-8.1.9-6.el9.x86_64.rpm
sudo chown -R chenlianfu:chenlianfu /opt/sge

最后，在管理节点上部署SGE的qmaster服务。

cd /opt/sge
./install_qmaster
# 安装到靠后时，启动了Grid Engine qmasster服务，然后可以提供部署SGE的节点主机名信息，按y和Enter键使用一个文件来提供主机信息，输入文件路径/etc/hosts提供加入到SGE集群系统的主机信息。有利于后续在各计算节点上部署execd服务。

3. 在计算节点上部署SGE软件

首先安装SGE依赖的系统软件，然后部署SGE的execd服务。

sudo dnf -y install csh java-1.8.0-openjdk java-1.8.0-openjdk-devel gcc ant automake hwloc-devel openssl-devel libdb-devel pam-devel libXt-devel motif-devel ncurses-libs ncurses-devel ant-junit junit javacc libdb-utils jemalloc munge-libs

cd /opt/sge
./install_execd
# 全程按Enter键直到完毕即可。

4. 启动SGE软件

部署完毕后，若需要使用SGE软件，则执行如下命令载入SGE的环境变量信息：

source /opt/sge/default/common/settings.sh

或将该信息添加到~/.bashrc从而永久生效：

echo 'source /opt/sge/default/common/settings.sh' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

启动SGE软件方法：

sudo /opt/sge/default/common/sgemaster restart   # 控制节点启动
sudo /opt/sge/default/common/sgeexecd restaart   # 计算节点启动

查看SGE软件运行日志文件：

Qmaster:      /opt/sge/default/spool/qmaster/messages
Exec daemon:  /opt/sge/default/spool/<hostname>/messages

我通过编写一个程序：keep_SGE，使用root用户或无密码sudo权限运行后能自动维持管理节点或计算节点的SGE服务。再继续通过例行任务流程，能使集群中服务器再SGE系统中的稳定性。

sudo mkdir /root/bin
sudo wget http://chenlianfu.com/public/bin/keep_SGE -P /root/bin/
sudo echo -e "1\t*\t*\t*\t*\t/root/bin/keep_SGE" > crontab.txt
sudo crontab crontab.txt
sduo rm crontab.txt

5. 使用SGE软件

部署完毕SGE后，会生成一个默认主机用户组@allhosts，它包含所有的执行节点；生成一个默认的all.q队列名，它包含所有节点所有计算资源。默认的队列包含的计算资源是最大的。 通过使用命令qconf -mq queuename来对队列进行配置。修改hostlist来配置该队列可以使用执行主机；修改slots来配置各台执行主机可使用的线程数。从而对队列的计算资源进行设置。

使用qconf命令对SGE进行配置：

qconf -ae hostname
    添加执行主机
qconf -de hostname
    删除执行主机
qconf -sel
    显示执行主机列表

qconf -ah hostname
    添加管理主机
qconf -dh hostname
    删除管理主机
qconf -sh
    显示管理主机列表

qconf -as hostname
    添加提交主机
qconf -ds hostname
    删除提交主机
qconf -ss
    显示提交主机列表

qconf -ahgrp groupname
    添加主机用户组
qconf -mhgrp groupname
    修改主机用户组
qconf -shgrp groupname
    显示主机用户组成员
qconf -shgrpl
    显示主机用户组列表

qconf -aq queuename
    添加集群队列
qconf -dq queuename
    删除集群队列
qconf -mq queuename
    修改集群队列配置
qconf -sq queuename
    显示集群队列配置
qconf -sql
    显示集群队列列表

qconf -ap PE_name
    添加并行化环境
qconf -mp PE_name
    修改并行化环境
qconf -dp PE_name
    删除并行化环境
qconf -sp PE_name
    显示并行化环境
qconf -spl
    显示并行化环境名称列表

qstat -f
    显示执行主机状态
qstat -u user
    查看用户的作业
qhost
    显示执行主机资源信息

使用qsub提交作业

qsub简单示例：
$ qsub -V -cwd -o stdout.txt -e stderr.txt run.sh

其中run.sh中包含需要运行的程序，其内容示例为如下三行：
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
perl -e 'print "abc\n";print STDERR "123\n";'

qsub的常用参数：
-V
    将当前shell中的环境变量输出到本次提交的任务中。
-cwd
    在当前工作目录下运行程序。默认设置下，程序的运行目录是当前用户在其计算节点的家目录。
-o
    将标准输出添加到指定文件尾部。默认输出文件名是$job_name.o$job_id。
-e
    将标准错误输出添加到指定文件尾部。默认输出文件名是$job_name.e$job_id。
-q
    指定投递的队列，若不指定，则会尝试寻找最小负荷且有权限的队列开始任务。
-S
    指定运行run.sh中命令行的软件，默认是tcsh。推荐使用bash，设置该参数的值为 /bin/bash 即可，或者在run.sh文件首部添加一行#$ -S /bin/bash。若不设置为bash，则会在标准输出中给出警告信息：Warning: no access to tty (Bad file descriptor)。
-hold_jid
    后接多个使用逗号分隔的job_id，表示只有在这些job运行完毕后，才开始运行此任务。
-N
    设置任务名称。默认的job name为qsub的输入文件名。
-p
    设置任务优先级。其参数值范围为 -1023 ~ 1024 ，该值越高，越优先运行。但是该参数设置为正数需要较高的权限，系统普通用户不能设置为正数。
-j y|n
    设置是否将标准输出和标准错误输出流合并到 -o 参数结果中。
-pe
    设置并行化环境。

任务提交后的管理：

$ qstat -f
    查看当前用户在当前节点提交的所有任务，任务的状态有4中情况：qw，等待状态，刚提交任务的时候是该状态，一旦有计算资源了会马上运行；hqw，该任务依赖于其它正在运行的job，待前面的job执行完毕后再开始运行，qsub提交任务的时候使用-hold_jid参数则会是该状态；Eqw，投递任务出错；r，任务正在运行；s，被暂时挂起，往往是由于优先级更高的任务抢占了资源；dr，节点挂掉后，删除任务就会出现这个状态，只有节点重启后，任务才会消失。

$ qstat -j jobID
    按照任务id查看

$ qstat -u user
    按照用户查看

$ qdel -j jobID
    删除任务