月度归档：2013年02月

go.class的制作

发表于由
2

方法：

1. 使用OBO-Edit来搜索GO二级水平term包含的terms，并生成相应的obo文件；
2. 使用编写的perl程序来提取obo文件中的内容。

过程：

1. 下载gene_ontology.1_2.obo文件。

下载网页：http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml

2. 安装OBO-Edit并运行。

在官网http://www.oboedit.org/上下载OBO-Edit并安装。
文章写的时间对应的版本是oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh (45.0 MB)
# sh oboedit_2_3-b3_unix_install4j.sh
按提示进行安装。
$ rm oboedit_config -rf
$ OBO-Edit
运行该程序需要java支持。

3. 使用gene_ontology.1_2.obo文件来search，得到二级水平的GO term的子terms。

1. File菜单下Load Ontologies，载入gene_ontology.1_2.obo文件;
2. File菜单下Save as，进入Write ontology画面；
3. 点击Advanced——点击Add——输入保存路径(biological adhesion为例)——打勾Filter terms——点击+号——Find terms that have a ID that equals the value GO:0022610 in Ancestor that can be reached via any tyep——点击OK
4. 等待一段时间，则会生成文件名为“biological ahension”的obo文件

4. 对每一个GO二级水平的term都进行这样的search和save，得到很多obo文件。使用perl程序make_go_class.pl来生成go.class文件。

$ perl make_go_class.pl *    #其中*代表生成的所有的obo文件
该程序以‘>>'的方式写入到文件句柄中，注意不要重复命令。

5. 还有GO二级terms本身没有加入到go.class中去。按以上的search和save方式进行其obo文件的制作，不同的是将Ancestor换成Parent。得到的obo文件使用make_go_class.pl来成才go.class文件。该go.class文件是错误的，需要手动修改后再整合到总的go.class文件中去。
6. 最后生成了go.class文件为最新的文件了。但是使用http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=586中的方法做GO分类图的时候，依旧提示error的GO号，这些GO号都是废弃了的GO号。
7. go.class文件下载（2013.2.27）

上班第一天的规划

发表于由
3

目标：
1. 将文章整出来，争取在6月份毕业，或在12月毕业。不能去拖了。
2. 将爱情坚持到底。

一：毕业事情
文章1：阅读文献，看看发表的真菌基因组中那些有bac测序和illumina测序同时进行的，然后使用不同的denovo基因组组装软件对short reads进行组装，和bac测序的结果进行比较，然后评估各个组装软件对真菌基因组的组装效果。 亮点：<1>首次评估各个denovo软件专门针对真菌基因组的组装效果;<2>soapdenovo2发布，首次将此软件加入评估。 文献查阅与资料下载需要一个月，现在到3月中旬；基因组组装软件学习与数据分析需要2个月，到5月中旬；文章撰写需要1个月，到6月中旬；文章投递到接收，需要2个月，到8月份。
文章2：黑木耳转录组分析，已经分析了一半。在结合KEGG代谢途径，来进行一些分析，可以写出文章。分析需要2个月，文献阅读和文章撰写需要2个月。
文章3：香菇基因组测序并分析，基因组测序现在正在进行中，估计300kb文库的测序结果已经出来，可以对基因组进行评估了。然后3月份开始多个文库的测序，5月份前能拿到数据和组装结果。6～8月份能将香菇基因组分析完毕，9月份撰写香菇基因组文章。可以将文章发送给名气不错的老外修改，然后联合发表。目标杂志plos one 或 BMC genomics。

中途还会有其它事情，比如徐老师的茯苓转录组和DGE分析，周老师的数据上传，和袁岩的蛋白的可变剪切等。

二：爱情
1. 平时不能在无聊地闲逛上网等，在工作时间之外，大部分时间都用来陪邓蕾；
2. 按邓蕾的意愿，去逛逛武汉风景；
3. 有不错的电影开幕，就陪去看电影；
4. 关注邓蕾的找工作事宜；
5. 关注邓蕾实验问题并全力解决。