使用sequenceserver搭建本地化blast网页服务

1. 简介

现在NCBI不再提供wwwblast软件下载。且NCBI的wwwblast软件很久没更新,界面简陋,因此不推荐使用该软件进行本地化blast分析。使用sequenceserver部署本地化blast网页服务,界面简单易用,还可以同时勾选多个数据库进行比对分析。以下讲解使用sequenceserver在CentOS7上搭建本地化blast网页服务。

2. 安装软件

使用root用户安装sequenceserver软件。该软件使用Ruby编程,使用Rubygem即可安装软件。在CentOS7系统中需要额外安装ruby-devel软件。

# yum install ruby-devel
# gem install sequenceserver

3. 使用sequenceserver

使用sequenceserver要求安装有NCBI-blast+程序。

# sequenceserver -d /opt/biosoft/wwwblast/db -n 16 -p 8080
程序运行后,在浏览器中打开 localhost:8080 即可访问本地化blast网页服务。

常用参数:
-b | --bin 
    输入ncbi-blast+的bin文件路径
-d | --database_dir
    输入blast数据库路径
-n | --num_threads
    设置使用的CPU线程数
-p | --port
    设置使用的端口号,默认为4567。