# yum install awstats
常用示例：
# /var/www/awstats/awstats.pl --config=localhost.localdomain -update -output > /var/www/awstats/index.html
--config=virtualhostname
该参数用于导入配置文件。配置文件位于 /etc/awstats 或 /usr/local/etc/awstats 目录。程序会导入awstats.virtualhostname.conf或awstats.conf配置文件。
-update
对数据统计结果进行更新。
-output
输出HTML结果文件。
我写了一些Perl程序。为了防止程序在传播扩散过程中遭人随意篡改或出售而引起版权纠纷，于是需要对一些程序进行编译和加密处理。
我安装的时CentOS 6系统，该系统中默认能的Perl版本时5.10版本。该版本中取消了perlcc命令以及相应的B::C, B::CC, B::Bytecode等模块。只有不搞于5.9.4版本的perl才会有perlcc命令。详情请见：http://perldoc.perl.org/perl5100delta.html。
perlcc的使用方法(http://search.cpan.org/~nwclark/perl-5.8.9/utils/perlcc.PL)：
$ perlcc -o hello hello.pl
perlcc命令可能对perl代码编译不成功，或成功后不能正常运行。推荐使用pp命令来进行该项工作。
pp 模块用于perl程序的编译和打包：http://search.cpan.org/~rschupp/PAR-Packer-1.035/lib/pp.pm
PAR::Filter::Crypto 模块用于加密： http://search.cpan.org/~shay/Filter-Crypto-2.07/lib/PAR/Filter/Crypto.pm
$ sudo cpan -i pp $ sudo cpan -i PAR::Filter::Crypto
$ pp -f Crypto -F Crypto -M Filter::Crypto::Decrypt -o hello hello.pl
现在有服务器A通过PPPOE联网，而服务器B直接和服务器A使用网线连接。若需要使B能正常上网，则需要将A的网络共享给B。此外，服务器A和B都具有多网口，并都是CentOS系统。将服务器A的网络共享给B，其对两台服务器的设置如下：
将网线插入到服务器A的第一个网口eth0，然后设置服务器A的PPPOE连接：
安装pppoe软件 # yum install rp-pppoe 配置pppoe设置，填写上网账号和密码，该pppoe配置名称为ppp0，保证对应的网口为eth0，设置。 # pppoe-setup 关闭ppp0的连接 # ifdown ppp0 开启ppp0的连接 # ifup ppp0 若发现ppp0连接不上，输入下面命令后再连接 # pppoe-stop
再将服务器A的eth1口和服务器B的eth1口进行连接。对服务器A的eth1口进行设置：
# setup 通过setup命令配置eth1的IP，设置其： IP地址:192.168.1.1 子网掩码：255.255.255.0 网关：192.168.1.1 DNS1：211.69.143.1 DNS2：8.8.8.8 其中DNS1是我们学校提供的DNS服务器网址，DNS2是google提供的DNS网址。可能在不同的地方其DNS网址不一样。 然后，修改 eth0 和 eth1 的配置文件，设置这两个网口开机启动： # vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 # vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 ONBOOT=yes
首先，修改配置文件/etc/sysctl.conf的一个参数来开启使用NAT进行IP转发。
$ perl -p -i -e 's/net.ipv4.ip_forward =.*/net.ipv4.ip_forward = 1/' /etc/sysctl.conf
再使用iptables命令来对ppp0进行网络共享。
生成文件 /usr/local/bin/ishare 并使其可执行，执行该命令，即可共享 ppp0 网络。 # echo '#!/bin/bash ## Internet connection shating script sysctl -w net.ipv4.ip_forward=1 sysctl -p iptables -X iptables -F iptables -t nat -X iptables -t nat -F iptables -I INPUT -m state --state RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT iptables -I FORWARD -m state --state RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT iptables -t nat -I POSTROUTING -o ppp0 -j MASQUERADE' > /usr/local/bin/ishare # chmod 755 /usr/local/bin/ishare # /usr/local/bin/ishare 若需要开机则启动该命令： # echo '/usr/local/bin/ishare' >> /etc/rc.d/rc.local
服务器A的配置修改完毕，然后重启服务器A的网络，使配置生效：
# /etc/init.d/network restart 保证看到pppoe和eth1网络的正常启动。
配置服务器B的 eth1 网口：
# setup 通过setup命令配置eth1的IP，设置其： IP地址:192.168.1.2 子网掩码：255.255.255.0 网关：192.168.1.1 DNS1：211.69.143.1 DNS2：8.8.8.8 修改 eth1 的配置文件，设置这该网口开机启动： # vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth1 ONBOOT=yes 再重启重启服务器B的网络设置 # /etc/init.d/network restart 保证看到eth1网络的正常启动。
以上设置完毕后，通过 ping 命令来检测服务器B是否能联网。若服务器ping不通192.168.1.1，则表示服务器B和服务器A连接不通；若能ping通192.168.1.1而不能联外网，则表示服务器A没有开启共享或服务器A没有联网。需要按照上述教程逐步排查。
生物大学科分区 MYCOLOGY小学科分区 杂志名称 2014-2015影响因子 1区 1区 STUDIES IN MYCOLOGY 13.25 2区 2区 FUNGAL DIVERSITY 6.221 2区 2区 PERSOONIA 5.3 3区 2区 MYCORRHIZA 3.459 3区 3区 Fungal Ecology 2.929 3区 3区 FUNGAL GENETICS AND BIOLOGY 2.587 4区 3区 MYCOLOGIA 2.471 4区 4区 Fungal biology 2.342 3区 3区 MEDICAL MYCOLOGY 2.335 4区 4区 MYCOSES 2.239 3区 3区 World Mycotoxin Journal 2.157 4区 4区 MYCOLOGICAL PROGRESS 1.913 4区 4区 MYCOPATHOLOGIA 1.528 4区 4区 CRYPTOGAMIE MYCOLOGIE 1.524 4区 4区 LICHENOLOGIST 1.454 4区 4区 Mycoscience 1.418 4区 4区 Revista iberoamericana de micología : órgano de la Asociación Espa ola de Especialistas en Micología1.056 4区 4区 SYDOWIA 1.021 4区 4区 INTERNATIONAL JOURNAL OF MEDICINAL MUSHROOMS 0.927 4区 4区 MYCOTAXON 0.705 4区 4区 JOURNAL DE MYCOLOGIE MEDICALE 0.573
segmasker 屏蔽氨基酸的低复杂序列
dustmasker 屏蔽核算序列的低复杂序列
windowmasker 按照序列重复的次数来屏蔽
convert2blastmask 根据小写字母来屏蔽
这几个都可以先得到一个含有屏蔽信息的文件。然后进行 makeblastdb 的时候输入这个文件，就可以相应的 masked 数据库了。
参考：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/
blast 比对的时候，可以对 query 序列进行屏蔽。 这几个参数估计这样理解：
-seg blastp的参数，是否对query 序列使用 segmasker来屏蔽低复杂重复，默认 no
-dust blastn的参数，是否对query 序列使用 dustmasker来屏蔽低复杂重复，默认 no
-lcase_masking 对query序列的小写部分进行屏蔽
-soft_masking 是否进行软屏蔽。软屏蔽则是不会使用屏蔽的序列进行种子比对，但是可以延长时候比对。硬屏蔽，则是直接不对屏蔽序列部分进行比对。blastn的默认值是yes，blastp的默认值是no
1. 分节符的使用
点击：“页面布局”——“分隔符”——“分节符下一页”，在指定位置插入分节符，用于将文章不同的章节进行分割。这样可以保证：下一章节的第一行则总是在页面的最上面；下一章节的排版和上一章节可以不一致，例如纸张方向不一致。
2. 使用Endnote分别对每一章节插入文献
默认情况下Endnote是将文献插入到文章最后面的。若需要将文献插入到各个章节后面，则在Endnote中设置，例如：点击“Edit”——“Output Styles”——“Edit BMC genomics”——“Sections”——选中“Create a bibliography for each section”——退出保存该格式为另外一个名字，然后使用这个保存的格式。
3.
Writing date: 2015-11-17.
The latest Human Genome assembly version is : GRCh38 (GCA_000001405.15) . GRch38: Genome Reference Consortium Human Reference 38.
The GRch38 genome browses:
UCSC http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway
Ensembl http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index
Vega http://vega.sanger.ac.uk/Homo_sapiens/Info/Index
GENCODE http://www.gencodegenes.org/human_biodalliance.html
The downloading website of GRch38 information in Ensembl: http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html
I recommend to download gh38 sequence functional annotations from Ensembl: ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-82/genbank/homo_sapiens/.
mdkir sequence_annotation cd sequence_annotation lftp -e "mirror -c --parallel=5 /pub/release-82/genbank/homo_sapiens/" ftp://ftp.ensembl.org cd ..
The downloading website of GRch38 information in GENCODE: http://www.gencodegenes.org/releases/23.html
I recommend to download gh38 fasta and gff3 files from GENCODE. These 2 files would be the main fasta and gff3 files for most users.
wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_23/GRCh38.primary_assembly.genome.fa.gz wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_23/gencode.v23.basic.annotation.gff3.gz
在使用FigTree画树后。由于设置字体大小>14,于是导致export出来的图片中最上面一行字被截断了，从而使图片很丑。于是export出SVG格式文件。然后修改SVG坐标系原点位置，将图片完整显示出来。
在 <svg xmlns… 这行尾部添加 transform=”translate(0,20)” width=”xxx” height=”xxx”解决。
Cellulose is a dominant structural polysaccharide in plants composed ofβ -D-glucose units with β-1,4-linkages.
Cellulose decomposition requires multiple enzymes. In general, cellulose is degraded to cellodextrin or cellobiose by the synergistic action of two cellulases: endoglucanase (EC 3.2.1.4) and cellobiohydrolase (EC 3.2.1.91) (Tomme et al., 1995; Bayer et al., 1998). Degradation of cellodextrin or cellobiose into monomeric glucose units requires another enzyme, β-glucosidase (EC 3.2.1.21), that hydrolyzes non-reducing 1,4-linked-β-glucose (Henrissat et al., 1989).
Cellulose fibers are cross-linked by other polysaccharides called `hemicelluloses’ to increase the physical strength of the cell wall. Hemicelluloses include xylan (β-D-xylose units with β-1,4-linkages), glucomannan (β-D-mannose units andβ -D-glucose units with β-1,4-linkages), xyloglucan (β-D-glucose units with β-1,4-linkages, andβ -D-xylose and β-D-glucose units withβ -1,6-linkages), 1,3-1,4-β-glucan (β-D-glucose units with β-1,3- and β-1,4-linkages), and a relatively small amount of other polysaccharides composed of β-D-glucose,β -D-xylose, β-D-mannose and other sugar units with various linkages (McNeill et al., 1984).
The scaffold of cellulose and hemicelluloses is filled with pectin (α-D-galacturonic acid units with mainly α-1,4-linkages), which functions as a cement-like substance in the cell wall.
WIG格式(Wiggle Track Format)，可用于将转录组数据进行可视化展示。bigWig格式则是WIG格式的二进制方式，可以使用wigToBigWig将WIG格式转换成BigWig格式。
一个 WIG 格式实例文件：
track type=wiggle_0 name="sampleA1" description="RNA-Seq read counts of species A" variableStep chrom=chr01 span=10 10001 13 10011 15 10021 12 fixedStep chrom=chr01 start=100031 step=10 span=10 17 15 20
如上例子，有2个注意点：
1. 第一行必须如理示例中格式。只有name和description这两个参数的值可以随意填写。
2. 有两种方法进行数据描述。分别是variableStep和fixedStep。前者数据内容用2行表示，后者数据部分仅用1行表示。
3. 这两种方法的几个参素意义为：
chrom 设置序列名
start fixStep中Locus的起始位置
step fixStep中Locus的步进
span 一个数据对应碱基数目
使用bam2wig命令将bam文件转换成wig文件。bam2wig命令可以来自于Augustus软件。
$ bam2wig sampleA1.tophat.bam > sampleA1.wig
该wig文件的span参数值为1。因此，当基因组越大，则wig文件越大。可以考虑设置span的值为10，能有效减小wig文件的大小。例如编写如些perl程序进行压缩wig文件。
#!/usr/bin/perl
use strict;
my $usage = <<USAGE;
Usage:
perl $0 RNA-Seq.wig > RNA-Seq.cutdown.wig
USAGE
if (@ARGV==0){die $usage}
open IN, $ARGV[0] or die $!;
$_ = <>;
print;
my $locus = 1;
my $count = 0;
while () {
if (m/^variableStep/) {
$count = int(($count + 0.5) / 10);
print "$locus\t$count\n" if $count > 0;
s/$/ span=10/;
print;
$locus = 1;
}
else {
if (m/(\d+)\s+(\d+)/) {
my ($num1, $num2) = ($1, $2);
if ($num1 >= $locus + 10) {
$count = int(($count + 0.5) / 10);
print "$locus $count\n" if $count > 0;
$locus = $num1;
$count = 0;
}
$count += $num2;
}
}
}
使用Gbrowse2所带命令 wiggle2gff3.pl 将wig文件转换成wig binary文件和一个gff3文件。每个基因组序列得到一个二进制格式的wig文件。同时生成一个gff3文件。该gff3文件指向所有的wig binary文件。
$ mkdir $PWD/gbrowse_track_of_RNA_seq $ wiggle2gff3.pl --source=sampleA1 --method=RNA_Seq --path=$PWD/gbrowse_track_of_RNA_seq --trackname=track_A1 sampleA1.wig > sampleA1.gff3
导入gff3文件
$ bp_seqfeature_load.pl -a DBI::mysql -d gbrowse2_species -u train -p 123456 sampleA1.gff3
配置文件：
[RNA_Seq_sampleA1_xyplot] feature = RNA_Seq:sampleA1 glyph = wiggle_xyplot graph_type = boxes height = 50 scale = right description = 1 category = RNA-Seq:sampleA1 key = Transcriptional Profile [RNA_Seq_sampleA1_density] feature = RNA_Seq:sampleA1 glyph = wiggle_density height = 30 bgcolor = blue description = 1 category = RNA-Seq:sampleA1 key = Transcriptional Profile