Linux 下查看硬盘使用时间

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需要安装这个：
http://smartmontools.sourceforge.net/
如果是centos直接运行yum install smartmontools -y就可以了

然后输入这个：
smartctl -A /dev/sda
如果不行用df看看硬盘名称，把sda换了即可
=== START OF READ SMART DATA SECTION ===
SMART Attributes Data Structure revision number: 10
Vendor Specific SMART Attributes with Thresholds:
ID# ATTRIBUTE_NAME FLAG VALUE WORST THRESH TYPE UPDATED WHEN_FAILED RAW_VALUE
1 Raw_Read_Error_Rate 0×000f 083 063 044 Pre-fail Always – 204269687
3 Spin_Up_Time 0×0003 099 099 000 Pre-fail Always – 0
4 Start_Stop_Count 0×0032 100 100 020 Old_age Always – 18
5 Reallocated_Sector_Ct 0×0033 100 100 036 Pre-fail Always – 0
7 Seek_Error_Rate 0×000f 069 060 030 Pre-fail Always – 7825289
9 Power_On_Hours 0×0032 099 099 000 Old_age Always – 1626
10 Spin_Retry_Count 0×0013 100 100 097 Pre-fail Always – 0
12 Power_Cycle_Count 0×0032 100 037 020 Old_age Always – 18
184 Unknown_Attribute 0×0032 100 100 099 Old_age Always – 0
187 Reported_Uncorrect 0×0032 100 100 000 Old_age Always – 0
188 Unknown_Attribute 0×0032 100 099 000 Old_age Always – 12
189 High_Fly_Writes 0×003a 100 100 000 Old_age Always – 0
190 Airflow_Temperature_Cel 0×0022 072 069 045 Old_age Always – 28 (Lifetime Min/Max 25/31)
194 Temperature_Celsius 0×0022 028 040 000 Old_age Always – 28 (0 22 0 0)
195 Hardware_ECC_Recovered 0×001a 050 047 000 Old_age Always – 204269687
197 Current_Pending_Sector 0×0012 100 100 000 Old_age Always – 0
198 Offline_Uncorrectable 0×0010 100 100 000 Old_age Offline – 0
199 UDMA_CRC_Error_Count 0×003e 200 200 000 Old_age Always – 0

其中Power_On_Hours就是硬盘使用小时了，如果是Power_On_Minutes就是硬盘使用分钟，例如：
9 Power_On_Minutes 0×0032 201 201 000 Old_age Always – 649h+23m

ERROR 1045 (28000): Access denied for user

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mysql登录的时候有这个错误:ERROR 1045 (28000): Access denied for user。 解决方法：

# /etc/init.d/mysqld stop
# mysqld_safe --user=mysql --skip-grant-tables --skip-networking &
# mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('newpassword') where USER='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
mysql> quit
# /etc/init.d/mysqld restart
# mysql -u root -p
Enter password: 
mysql>
搞定

Perl模块的使用

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1. 随机打乱数组

use List::Util;
@array = List::Util::shuffle @array;

2. 对数组取平均值，标准差等

use Statistics::Descriptive;
my $stat = Statistics::Descriptive;
$stat->add_data(@insert_size);
my $mean = $stat->mean();
my $sd = $stat->standard_deviation();
my $sum = $stat->sum();
my $min = $stat->min();
my $max = $stat->max();

3.

GO富集分析

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一、程序与文件准备
1. 下载并安装libgd，gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息，比如版本和库文件和头文件所在的路径。
2. 在cpan中下载GD并安装。网址：http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下：

# cd GD-2.XX
# perl Makefile.PL
# make
# make test (optional)
# make html (optional)
# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本，看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。
3. 安装GO-TermFinder。网址：http://search.cpan.org/。
4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址：http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。

vim在粘贴时取消自动缩进

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当使用vim写程序和代码的时候，一般都会设置自动缩进，这样书写方便。但是需要粘贴的时候，自动缩进会让代码乱套。

为此，解决方法为在vim配置文件.vimrc中添加一行：

set pastetoggle=<F4>

然后在使用vim的时候，进入编辑模式，按F4即可进入粘贴模式，在此模式下，自动缩进会取消，粘贴起来就不会出现很乱的感觉了。粘贴完毕后按F4退出粘贴模式，又回复到自动缩进状态，书写程序方便了。

COG分类

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本文讲述如何对基因组预测基因进行COG分类。

一 COG简介

COG，即Clusters of Orthologous Groups of proteins。

其网址主页为： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/。

网页版使用工具网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/xognitor.html。

使用说明文档网址： http://www.nlm.nih.gov/COG/old/COGhelp.html。

其FTP站点为: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/。

通过观看其主页和说明文档，可以理解为COG是NCBI的数据库。COG的中文释义即“同源蛋白簇”。COG分为两类，一类是原核生物的，另一类是真核生物。原核生物的一般称为COG数据库；真核生物的一般称为KOG数据库。

COG注释作用：1. 通过已知蛋白对未知序列进行功能注释； 2. 通过查看指定的COG编号对应的protein数目，存在及缺失，从而能推导特定的代谢途径是否存在； 3. 每个COG编号是一类蛋白，将query序列和比对上的COG编号的proteins进行多序列比对，能确定保守位点，分析其进化关系。

二 将序列进行COG分类的步骤

1. COG的ftp里边提供了一个名为myva的文件，该文件里面为COG数据库的蛋白质序列，有192987条。将该序列文件使用使用ncbi-blast-2.2.26+中的blastdb程序制作出一个前缀为cog的蛋白质数据库。

2. 将需要进行COG注释并分类的DNA序列或protein序列分别使用blastx或blastp比对到上一步骤建好的cog数据库中。得出xml的比对结果。

3. 根据上一步骤的比对结果，得出与query序列相似的cog蛋白id。在COG的ftp里面有一个名为whog的文件，该文件中记录着COG数据中绝大部分的蛋白质id以及其所对应的以COG开头的protein编号，同时也记录这COG编号对应的功能分类编号。因此，可以得出query序列注释的COG编号以及其功能分类编号。

4. ftp中还有一个名为fun.txt的文件，该文件记录这COG的功能分类编号，及其对编号的功能描述。

5. 因此，我编写了一个脚本程序用于COG分类注释。该脚本程序名字为cog.pl。输入为所需要进行COG分类的fasta序列文件，得出序列的比对结果和分类统计。

三 将序列进行KOG分类

方法和COG的分类一致。值得注意的是KOG数据中protein的编号是以LSE或TWOG开头的。同样，我编写了一个kog.pl。

四 说明补充

值得说明的是，KOG数据库中蛋白质序列数目为112920条，但是其中有protein编号的只有27887条，占25%。而COG数据库中蛋白质序列条数为192987，其中有COG编号的有129326条，占67%。所以比对结果中，很多序列比对上了KOG数据库，但是没有protein编号；而在比对到COG数据库时会好很多。

所以，可以先将序列比对到COG数据库，得出分类数据；然后将没有分类编号的序列挑选出来，再比对到KOG数据库，得出分类数据；然后将两个分类数据进行整合，然后画出COG分类图。

安装blast2go数据库，所需知道的MySQL的编译和安装和简易使用

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1 修改配置文件

# cp /usr/share/mysql/my-huge.cnf /etc/my.cnf
# vim /etc/my.cnf
在 [mysqld] 下加入一行：
datadir=/var/lib/mysql

2 创建系统自带的数据库和表

# mysql_install_db --user=mysql

3 启动mysql服务并将mysql的root用户密码修改为123

# /etc/init.d/mysqld restart
# mysqladmin -u root password '123'

4 删除测试数据库和匿名用户

# mysql_secure_installation

5 使用数据库，并创建b2g数据库

# mysql -u root -h 127.0.0.1 -p
mysql> SHOW DATABASES;
mysql> CREATE DATABASE b2g;
mysql> SHOW DATABASES;
mysql> quit;