ERROR 1045 (28000): Access denied for user

mysql登录的时候有这个错误:ERROR 1045 (28000): Access denied for user。 解决方法:

# /etc/init.d/mysqld stop
# mysqld_safe --user=mysql --skip-grant-tables --skip-networking &
# mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('newpassword') where USER='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
mysql> quit
# /etc/init.d/mysqld restart
# mysql -u root -p
Enter password: 
mysql>
搞定

Perl模块的使用

1. 随机打乱数组

use List::Util;
@array = List::Util::shuffle @array;

2. 对数组取平均值,标准差等

use Statistics::Descriptive;
my $stat = Statistics::Descriptive;
$stat->add_data(@insert_size);
my $mean = $stat->mean();
my $sd = $stat->standard_deviation();
my $sum = $stat->sum();
my $min = $stat->min();
my $max = $stat->max();

3.

GO富集分析

一、程序与文件准备
1. 下载并安装libgd,gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息,比如版本和库文件和头文件所在的路径。
2. 在cpan中下载GD并安装。网址:http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下:

# cd GD-2.XX
# perl Makefile.PL
# make
# make test (optional)
# make html (optional)
# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本,看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。
3. 安装GO-TermFinder。网址:http://search.cpan.org/。
4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址:http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。

vim在粘贴时取消自动缩进

当使用vim写程序和代码的时候,一般都会设置自动缩进,这样书写方便。但是需要粘贴的时候,自动缩进会让代码乱套。

为此,解决方法为在vim配置文件.vimrc中添加一行:

set pastetoggle=<F4>

然后在使用vim的时候,进入编辑模式,按F4即可进入粘贴模式,在此模式下,自动缩进会取消,粘贴起来就不会出现很乱的感觉了。粘贴完毕后按F4退出粘贴模式,又回复到自动缩进状态,书写程序方便了。