日度归档：2012 年 12 月 3 日

GO富集分析

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一、程序与文件准备
1. 下载并安装libgd，gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息，比如版本和库文件和头文件所在的路径。
2. 在cpan中下载GD并安装。网址：http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下：

# cd GD-2.XX
# perl Makefile.PL
# make
# make test (optional)
# make html (optional)
# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本，看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。
3. 安装GO-TermFinder。网址：http://search.cpan.org/。
4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址：http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。

vim在粘贴时取消自动缩进

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当使用vim写程序和代码的时候，一般都会设置自动缩进，这样书写方便。但是需要粘贴的时候，自动缩进会让代码乱套。

为此，解决方法为在vim配置文件.vimrc中添加一行：

set pastetoggle=<F4>

然后在使用vim的时候，进入编辑模式，按F4即可进入粘贴模式，在此模式下，自动缩进会取消，粘贴起来就不会出现很乱的感觉了。粘贴完毕后按F4退出粘贴模式，又回复到自动缩进状态，书写程序方便了。