日度归档：2013 年 4 月 16 日

Velvet的安装和使用

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一. Velvet简介

Velvet 是 EBI 的 Daniel Zerbino and Ewan Birney 开发的利用short reads组装基因组的软件。
Velvet作为一种de novo基因组组装软件，可利用的reads包括 Illumina reads 和 454 reads。
引用文献(2008)：Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs.

二. Velvet下载与安装

make ‘CATEGORIES=57’ ‘MAXKMERLENGTH=75’ ‘BIGASSEMBLY=1’ ‘LONGSEQUENCES=1’ ‘OPENMP=1’ ‘BUNDLEDZLIB=1’

远程服务器的命令——到本地声音提醒

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使用ssh连接远程服务器后。每当运行一个较长的程序时候，不想一直等待，需要该程序结束后能有声音提醒。这时候可以参考我的使用方法：

1. 下载一些提醒铃声到本地文件中

本地一个铃声的存放路径：
~/musics/audio/alarms/Beeps.mp3

2. 和远程服务器相互设置无密码的ssh登录

参考我以前的一篇文章：CentOs配置OpenSSH无密码登陆

3. 编写脚本alarm.pl放置于服务器的系统路径下

#!/usr/bin/perl
use strict;

my $whoami = `whoami`;
$whoami =~ s/\s*//g;

my $lastlog = `lastlog`;

my $ip_address;

if ( $lastlog =~ m/^$whoami.*?(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/m ) {
	$ip_address = $1;
} else {
	die;
}

print "The ip_address is $ip_address\n";

my $commond = "ssh chenlianfu\@$ip_address \"mplayer -loop 0 ~/musics/audio/alarms/Beeps.mp3\"";
print "$commond\n";

`$commond`;

4. 每次执行运算时间较长的程序时则紧跟着运行 alarm.pl 则会在程序运行完毕后在本地计算机上提醒。

linux下ISO文件的制作,刻录和挂载

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1. ISO文件的刻录

手头上有iso文件，比如CentOS-6.4-x86_64-bin-DVD1.iso，需要刻录成光碟，然后用于装系统用。使用 cdrecord 命令。

$ cdrecord dev=/dev/cdrw CentOS-6.4-x86_64-bin-DVD1.iso

常用参数：
-v | -verbose
speed=<int>
    指定刻录机速度，一般不用，因为cdrecord会自动检测最佳刻录速度
dev=<target>
    光驱的位置

2. ISO文件的制作

制作ISO文件可以是用 dd 或 mkisofs 命令。

2.1 dd用法

当直接从光驱中压制ISO文件时：

$ dd if=/dev/cdrw of=output.iso bs=1024

2.2 mkisofs用法

当将一个文件或目录压制到ISO文件时：

$ mkisofs -r -o output.iso folder_name/

3. ISO文件的挂载

$ sudo mount -o loop file.iso /mnt

wordpress插件

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1. Akismet

用途：博客垃圾评论 / trackback 屏蔽解决方案。效果非常好。
需要的Akismet API 密钥：c28ea9690585

2. WP-Chinese-Excerpt

用途：在主页上只显示中文摘要。开启该插件则会有效果。编辑文章的时候最好写个摘要。其原版插件名为：WP-UTF8-Excerpt