1.1 rRNA，即核糖体RNA，是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大，数量最多的一类RNA。它与蛋白质结合而形成核糖体，其功能是作为mRNA的支架，使mRNA分子在其上展开，实现蛋白质的合成。
1.2 原核生物和真核生物的核糖体均由大、小两种亚基组成。原核生物中，5S 和 23S rRNAs 在大亚基(large subunit)中, 16S rRNA 在小亚基(small subunit)中； 真核生物中，5S, 5.8S 和 28S rRNAs 在大亚基中，18S rRNA 在小亚基中。
1.3 原核生物中的 16S, 23S 和 5S rRNAs 通常串联在一起进行转录；真核生物中 18S, 28S 和 5.8S rRNAs 在一起形成一个转录单元，而 5S rRNA 则则为高度串联重复。
1.4 在大部分物种中，全基因组上一般有几个拷贝的 rRNA 转录单元，这些转录单元的序列差异通常很低，低于1%。最高的也只有11%。
RNAmmer是用来预测rRNA的软件。其官网页工具：RNAmmer 1.2 Server
RNAmmer的正常运行需要：1. perl的Getopt::Long和XML::Simple模块； 2. hmmsearch,需要安装hmmer-2.2g版本，使用最新版本会出错。
下载并安装hmmer-2.2g $ wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer/2.2g/hmmer-2.2g.tar.gz $ tar zxf hmmer-2.2g.tar.gz $ cd hmmer-2.2g $ ./configure --prefix=/opt/biosoft/hmmer-2.2g $ mkdir -p /opt/biosoft/hmmer-2.2g/man/man1/ /opt/biosoft/hmmer-2.2g/bin $ make; make install 安装RNAmmer，该软件需要使用edu邮箱去申请。 $ mkdir -p /opt/biosoft/rnammer-1.2 $ tar zxf rnammer-1.2.src.tar.Z -C /opt/biosoft/rnammer-1.2 $ perl -p -i -e 's/(my \$INSTALL_PATH).*/$1 = \"\/opt\/biosoft\/rnammer-1.2\";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer $ perl -p -i -e 's/^(\s+\$HMMSEARCH_BINARY).*/$1 = \"\/opt\/biosoft\/hmmer-2.2g\/bin\/hmmsearch\";/' /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer 检测是否正常运行 $ /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer -S bac -multi -f rRNA.fasta\ -h rRNA.hmmreport -xml rRNA.xml -gff rRNA.gff2\ /opt/biosoft/rnammer-1.2/example/ecoli.fsa
运行/opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer命令，参考manual文件/opt/biosoft/rnammer-1.2/man/rnammer.1, 该程序的运行参数如下：
USAGE: $ rnammer [options] sequence.fasta -S 指定输入序列的物种所属的界： arc bac 或 euk -gff 生成的gff文件结果 -m 所需要预测的moleculers： 'tsu' for 5/8s rRNA, 'ssu' for 16/18s rRNA, 'lsu' for 23/28s rRNA。如果全部进行预测，则该参数后为 'tsu,ssu,lsu'。 -multi 并行运算，预测正反两条链上所有的moleculers。最多并行运行6个计算。使用该参数，则不需要上一个参数。 -f 生成的rRNA的fasta结果文件 -h 生成的hmm报告结果 -gff 生成的rRNA的gff2文件 -x 生成的xml结果文件
对真核生物基因组进行rRNA预测的一个示例命令:
$ /opt/biosoft/rnammer-1.2/rnammer -S euk -multi -f rRNA.fasta\ -h rRNA.hmmreport -xml rRNA.xml -gff rRNA.gff2 genome.fasta
rRNA.fasta，rRNA.gff2，rRNA.hmmreport，rRNA.xml。